Problème recensés avec Context/NegEx

[jonquet]

"le patient n'a pas de fièvre" marche
"le patient n'a pas eu de fièvre" marche pas

Code avec derniere version de la liste des triggers terms:
https://gite.lirmm.fr/bioportal/french_context_negex/blob/master/src/main/java/org/context/implementation/ConTextFrench.java

[amineabdaoui]

Ceci est du au fait que "pas de" est un de nos trigger termes de négation, par contre "pas eu de" ne figure pas pour le moment dans notre liste des trigger termes.
Je vois deux solutions :

1. rajouter "pas eu de" comme trigger terme.
2. remplacer "pas de" par "pas " tout court au risque de voir une baisse de précision. On pourra par la suite rajouter des pseudo trigger termes pour les FP.

[jonquet]

Je voterai plutôt pour 1. Car il faut mieux se dire qu'on améliore la liste avec des ajouts (ce qu'on fera régulièrement), que on baisse la précision en la simplifiant. A faire un chgt manuel régulier autant que ce soit vers le haut.

D'une manière générale il faut réfléchir a l'utilisation des temps (passé) dans les trigger term.
Il y a en a sans doute qq uns de concerner.
On pousse ne prod NegEx/Contex ce vendredi normalement.

[jonquet]

Discussion avec Andon/Amine sur la temporalitée et l'expression reguiere qui ne marche pas.

[amineabdaoui]

En plus des triggers termes, ConText utilisent plusieurs expressions régulières pour détecter les conditions qui constatées il y a plus de deux semaines. Ces dernières sont alors considérés comme étant "historique".

Il y avait des bugs dans les expressions régulières anglais et donc aussi dans leurs traductions françaises dans notre French ConText.

Les bugs ont été corrigés dans les deux commits suivants:
https://gite.lirmm.fr/bioportal/french_context_negex/commit/7145b7c3bd85217c7c75df442bb1288a3c6e3cfe
https://gite.lirmm.fr/bioportal/french_context_negex/commit/9bacef5bd173ae0853854f54422cd50d96fb5046

La branche "master" est protected, j'ai donc créé une nouvelle branche "Amine" et j'ai fait un merge request avec la master.

[jonquet]

@amineabdaoui
Que pense tu de: " In the past, her mother had a neoplasm" . On matche le bon experiencer mais pas la bonne temporalité sur neoplasm.

Et dans: "Her mother had history of skin cancer but is now dead." est-ce que "but" n'est pas censé annuler l'effet de history dans le reste de la pharse ?

Et dans: "Her mother had no history of skin cancer"... le no vient annuler l'effet de la négation... c'est normal ca il me semble.

Aussi comparaison eng/fr:
Son père a des antécédents de cancer de la peau mais il est maintenant mort.
Her father had history of skin cancer but is now dead.
=> En francais "mort" est recent. En anglais il est historique.

(regardons ces points avant de pousser)

[amineabdaoui]

@jonquet, voici mes retours sur chacun des exemples. ça dépendra si on veut toucher à la liste anglaise des trigger termes.

• Dans le premier exemple, on ne matche pas la bonne temporalité car on a pas le trigger terme "in the past". Sur la liste de trigger termes de ConText qu'on a utilisé, je ne trouve que "past history" et "past medical history". Je peux rajouter "in the past" mais je sais pas si on veut vraiment modifier le English ConText aussi? De toute façon on l'a fait pour corriger le bug sur les expressions régulières...

• Pour le deuxième exemple, "but" est un termination term de la négation seulement. Il annule donc l'effet de la négation mais pas de la temporalité ou de l'experiencer. Ceci permet de déterminer que l'experiencer dans "dead" est toujours la mère (other), ce qui est correcte. Pour la temporalité, je propose de rajouter le mot clé "now" comme termination term de la temporalité (il remettra donc la temporalité à la valeur par défaut : Recent). Alors on modifie le English ConText?

• Dans le troisième exemple, "no history of" est un trigger term de negation et comme ConText considère uniquement le trigger terme le plus long, on va pas considérer "history of" => Temporalité: Recent.

• Parce que j'avais déjà rajouté "maintenant" comme un termination term de la temporalité lors de la compilation de notre liste de trigger termes française. De mémoire, je pense que je l'ai pris de la liste que Nicolas et Anita présentent sur leur papier (négation + temporalité). Ou peut etre que je l'ai rajouté moi meme... Je me rappelle plus!
  De toute façon, sur notre papier on dira qu'on a pas seulement traduit ConText au français mais qu'on l'a aussi bcp enrichit.

[jonquet]

Plus recement observé avec Amine: des problèmes sur les possible a verifier e.g., "mélanome pas exclu"