diff --git a/regtest/basic/rt-emst/COLVAR.reference b/regtest/basic/rt-emst/COLVAR.reference new file mode 100644 index 0000000000..94accca2b8 --- /dev/null +++ b/regtest/basic/rt-emst/COLVAR.reference @@ -0,0 +1,3 @@ +#! FIELDS time r1 r2 r3 r4 r5 r6 + 0.000000 12.624019 0.000000 12.624019 12.624019 12.624019 0.000000 + 1.000000 12.624019 8.981462 12.624019 12.624019 12.624019 0.000000 diff --git a/regtest/basic/rt-emst/Makefile b/regtest/basic/rt-emst/Makefile new file mode 100644 index 0000000000..3703b27cea --- /dev/null +++ b/regtest/basic/rt-emst/Makefile @@ -0,0 +1 @@ +include ../../scripts/test.make diff --git a/regtest/basic/rt-emst/config b/regtest/basic/rt-emst/config new file mode 100644 index 0000000000..84a4326c04 --- /dev/null +++ b/regtest/basic/rt-emst/config @@ -0,0 +1,3 @@ +type=driver +# we use A so as to make the comparison with pdb easier +arg="--ixyz traj.xyz --length-units A" diff --git a/regtest/basic/rt-emst/go.py b/regtest/basic/rt-emst/go.py new file mode 100644 index 0000000000..1e7f346604 --- /dev/null +++ b/regtest/basic/rt-emst/go.py @@ -0,0 +1,43 @@ +import random +def print_pdb(coords,file): + i=0 + for coord in coords: + i+=1 + print("{:6s}{:5d} {:^4s}{:1s}{:3s} {:1s}{:4d}{:1s} {:8.3f}{:8.3f}{:8.3f}{:6.2f}{:6.2f} {:>2s}{:2s}".format( + "ATOM",i,"type","","","",1,"",coord[0],coord[1],coord[2],1.0,1.0,"",""),file=f) + +def print_xyz(box,coords,file): + print(len(coords),file=f) + print(box[0],box[1],box[2],file=f) + for coord in coords: + print("type ",coord[0],coord[1],coord[2],file=f) + +coords=[] + + +box=[11,11,11] + +for i in range(-20,21): + if i%2==0: j=i + else: j=-i + coords.append([j,0.0,0.0]) +for i in range(-20,21): + if i%2==0: j=i + else: j=-i + coords.append([0.0,j,0.0]) +for i in range(-20,21): + if i%2==0: j=i + else: j=-i + coords.append([0.0,0.0,j]) + +with open("ref.pdb","w") as f: + print_pdb(coords,f) + + +with open("traj.xyz","w") as f: + print_xyz(box,coords,f) + for i in range(len(coords)): + coords[i][0]+=box[0]*(i%3) + print_xyz(box,coords,f) + + diff --git a/regtest/basic/rt-emst/plumed.dat b/regtest/basic/rt-emst/plumed.dat new file mode 100644 index 0000000000..c732f751cf --- /dev/null +++ b/regtest/basic/rt-emst/plumed.dat @@ -0,0 +1,24 @@ +UNITS LENGTH=A + +# this will incorrectly reconstruct PBC, and return !=0 +r1: RMSD REFERENCE=ref.pdb + +# this is zero in first frame, but non zero in subsequent (shifted) frames +r2: RMSD REFERENCE=ref.pdb NOPBC + +WHOLEMOLECULES ENTITY0=1-123 +DUMPATOMS ATOMS=1-123 FILE=wrong.xyz PRECISION=3 +# these are always non zero, as PBC are wrong here +r3: RMSD REFERENCE=ref.pdb +r4: RMSD REFERENCE=ref.pdb NOPBC + +MOLINFO STRUCTURE=ref.pdb WHOLE +WHOLEMOLECULES ENTITY0=1-123 EMST +DUMPATOMS ATOMS=1-123 FILE=right.xyz PRECISION=3 +# this is non zero (incorrectly reconstructed) +r5: RMSD REFERENCE=ref.pdb +# finally, this is always zero +r6: RMSD REFERENCE=ref.pdb NOPBC + + +PRINT ARG=(r.) FILE=COLVAR diff --git a/regtest/basic/rt-emst/ref.pdb b/regtest/basic/rt-emst/ref.pdb new file mode 100644 index 0000000000..ab1086b659 --- /dev/null +++ b/regtest/basic/rt-emst/ref.pdb @@ -0,0 +1,123 @@ +ATOM 1 type 1 -20.000 0.000 0.000 1.00 1.00 +ATOM 2 type 1 19.000 0.000 0.000 1.00 1.00 +ATOM 3 type 1 -18.000 0.000 0.000 1.00 1.00 +ATOM 4 type 1 17.000 0.000 0.000 1.00 1.00 +ATOM 5 type 1 -16.000 0.000 0.000 1.00 1.00 +ATOM 6 type 1 15.000 0.000 0.000 1.00 1.00 +ATOM 7 type 1 -14.000 0.000 0.000 1.00 1.00 +ATOM 8 type 1 13.000 0.000 0.000 1.00 1.00 +ATOM 9 type 1 -12.000 0.000 0.000 1.00 1.00 +ATOM 10 type 1 11.000 0.000 0.000 1.00 1.00 +ATOM 11 type 1 -10.000 0.000 0.000 1.00 1.00 +ATOM 12 type 1 9.000 0.000 0.000 1.00 1.00 +ATOM 13 type 1 -8.000 0.000 0.000 1.00 1.00 +ATOM 14 type 1 7.000 0.000 0.000 1.00 1.00 +ATOM 15 type 1 -6.000 0.000 0.000 1.00 1.00 +ATOM 16 type 1 5.000 0.000 0.000 1.00 1.00 +ATOM 17 type 1 -4.000 0.000 0.000 1.00 1.00 +ATOM 18 type 1 3.000 0.000 0.000 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