diff --git a/regtest/mapping/rt-adapt-alt-rmsd/out-path.pdb.reference b/regtest/mapping/rt-adapt-alt-rmsd/out-path.pdb.reference index 4e66adb7d2..d4fb65c278 100644 --- a/regtest/mapping/rt-adapt-alt-rmsd/out-path.pdb.reference +++ b/regtest/mapping/rt-adapt-alt-rmsd/out-path.pdb.reference @@ -1,589 +1,589 @@ # PATH AT STEP 20000 TIME 100.000000 ATOM 1 X RES 1 -3.056 0.015 1.034 1.00 1.00 -ATOM 5 X RES 5 -1.704 -0.423 0.668 1.00 1.00 -ATOM 6 X RES 6 -1.062 -1.169 1.390 1.00 1.00 -ATOM 7 X RES 7 -1.198 0.061 -0.482 1.00 1.00 -ATOM 8 X RES 8 -1.730 0.681 -1.022 1.00 1.00 -ATOM 9 X RES 9 0.112 -0.299 -0.990 1.00 1.00 -ATOM 10 X RES 10 0.320 -1.331 -0.752 1.00 1.00 -ATOM 11 X RES 11 0.124 -0.145 -2.520 1.00 1.00 -ATOM 15 X RES 15 1.236 0.519 -0.348 1.00 1.00 -ATOM 16 X RES 16 1.838 1.389 -0.968 1.00 1.00 -ATOM 17 X RES 17 1.538 0.239 0.930 1.00 1.00 -ATOM 18 X RES 18 0.988 -0.441 1.402 1.00 1.00 -ATOM 19 X RES 19 2.592 0.907 1.664 1.00 1.00 +ATOM 5 X RES 1 -1.704 -0.423 0.668 1.00 1.00 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@@ -140,8 +140,7 @@ AdaptivePath::AdaptivePath(const ActionOptions& ao): // Create the object to update the path std::string fixedn; parse("FIXED",fixedn); std::string component="METRIC_COMPONENT=disp"; if( argnames.size()>0 ) { metric="DIFFERENCE"; component=""; } - if( fixedn.length()>0 ) readInputLine("REPARAMETERIZE_PATH DISPLACE_FRAMES=" + getShortcutLabel() + "_disp FIXED=" + fixedn + " STRIDE=" + update + " METRIC={" + metric + "} " + component + " REFERENCE=" + reference_data ); - else readInputLine("REPARAMETERIZE_PATH DISPLACE_FRAMES=" + getShortcutLabel() + "_disp STRIDE=" + update + " METRIC={" + metric + "} " + component + " REFERENCE=" + reference_data ); + readInputLine("REPARAMETERIZE_PATH DISPLACE_FRAMES=" + getShortcutLabel() + "_disp FIXED=" + fixedn + " STRIDE=" + update + " METRIC={" + metric + "} " + component + " REFERENCE=" + reference_data ); // Information for write out std::string wfilename; parse("WFILE",wfilename); @@ -152,6 +151,11 @@ AdaptivePath::AdaptivePath(const ActionOptions& ao): FILE* fp=std::fopen(reference.c_str(),"r"); double fake_unit=0.1; PDB mypdb; bool do_read=mypdb.readFromFilepointer(fp,false,fake_unit); std::string num; Tools::convert( mypdb.getAtomNumbers()[0].serial(), atomstr ); for(unsigned j=1; j