From dc51004e8d7b98089764bacf2fe755392f5b4de8 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Gareth Tribello Date: Sat, 2 Nov 2024 08:39:28 +0000 Subject: [PATCH] Fix for output of ADAPTIVE_PATH (#1148) This change ensures that when you output the newly fitted path that you get by running the ADAPTIVE_PATH method the output pdb file contains the same residue numbers, beta and occupancy values as the input path. The change to mapping/rt-adapt-alt-rmsd comes about becuase the residue numbers in the output are now correctly coppied from the input Co-authored-by: Gareth Aneurin Tribello --- .../rt-adapt-alt-rmsd/out-path.pdb.reference | 1008 ++++++++--------- src/mapping/AdaptivePath.cpp | 10 +- 2 files changed, 511 insertions(+), 507 deletions(-) diff --git a/regtest/mapping/rt-adapt-alt-rmsd/out-path.pdb.reference b/regtest/mapping/rt-adapt-alt-rmsd/out-path.pdb.reference index 4e66adb7d2..d4fb65c278 100644 --- a/regtest/mapping/rt-adapt-alt-rmsd/out-path.pdb.reference +++ b/regtest/mapping/rt-adapt-alt-rmsd/out-path.pdb.reference @@ -1,589 +1,589 @@ # PATH AT STEP 20000 TIME 100.000000 ATOM 1 X RES 1 -3.056 0.015 1.034 1.00 1.00 -ATOM 5 X RES 5 -1.704 -0.423 0.668 1.00 1.00 -ATOM 6 X RES 6 -1.062 -1.169 1.390 1.00 1.00 -ATOM 7 X RES 7 -1.198 0.061 -0.482 1.00 1.00 -ATOM 8 X RES 8 -1.730 0.681 -1.022 1.00 1.00 -ATOM 9 X RES 9 0.112 -0.299 -0.990 1.00 1.00 -ATOM 10 X RES 10 0.320 -1.331 -0.752 1.00 1.00 -ATOM 11 X RES 11 0.124 -0.145 -2.520 1.00 1.00 -ATOM 15 X RES 15 1.236 0.519 -0.348 1.00 1.00 -ATOM 16 X RES 16 1.838 1.389 -0.968 1.00 1.00 -ATOM 17 X RES 17 1.538 0.239 0.930 1.00 1.00 -ATOM 18 X RES 18 0.988 -0.441 1.402 1.00 1.00 -ATOM 19 X RES 19 2.592 0.907 1.664 1.00 1.00 +ATOM 5 X RES 1 -1.704 -0.423 0.668 1.00 1.00 +ATOM 6 X RES 1 -1.062 -1.169 1.390 1.00 1.00 +ATOM 7 X RES 1 -1.198 0.061 -0.482 1.00 1.00 +ATOM 8 X RES 1 -1.730 0.681 -1.022 1.00 1.00 +ATOM 9 X RES 1 0.112 -0.299 -0.990 1.00 1.00 +ATOM 10 X RES 1 0.320 -1.331 -0.752 1.00 1.00 +ATOM 11 X RES 1 0.124 -0.145 -2.520 1.00 1.00 +ATOM 15 X RES 1 1.236 0.519 -0.348 1.00 1.00 +ATOM 16 X RES 1 1.838 1.389 -0.968 1.00 1.00 +ATOM 17 X RES 1 1.538 0.239 0.930 1.00 1.00 +ATOM 18 X RES 1 0.988 -0.441 1.402 1.00 1.00 +ATOM 19 X RES 1 2.592 0.907 1.664 1.00 1.00 END ATOM 1 X RES 1 -3.041 -0.012 1.053 1.00 1.00 -ATOM 5 X RES 5 -1.686 -0.442 0.673 1.00 1.00 -ATOM 6 X RES 6 -1.045 -1.210 1.373 1.00 1.00 -ATOM 7 X RES 7 -1.187 0.063 -0.465 1.00 1.00 -ATOM 8 X RES 8 -1.721 0.698 -0.992 1.00 1.00 -ATOM 9 X RES 9 0.113 -0.293 -0.998 1.00 1.00 -ATOM 10 X RES 10 0.311 -1.332 -0.788 1.00 1.00 -ATOM 11 X RES 11 0.102 -0.103 -2.524 1.00 1.00 -ATOM 15 X RES 15 1.253 0.498 -0.359 1.00 1.00 -ATOM 16 X RES 16 1.914 1.295 -0.996 1.00 1.00 -ATOM 17 X RES 17 1.507 0.271 0.938 1.00 1.00 -ATOM 18 X RES 18 0.916 -0.357 1.417 1.00 1.00 -ATOM 19 X RES 19 2.564 0.924 1.669 1.00 1.00 +ATOM 5 X RES 1 -1.686 -0.442 0.673 1.00 1.00 +ATOM 6 X RES 1 -1.045 -1.210 1.373 1.00 1.00 +ATOM 7 X RES 1 -1.187 0.063 -0.465 1.00 1.00 +ATOM 8 X RES 1 -1.721 0.698 -0.992 1.00 1.00 +ATOM 9 X RES 1 0.113 -0.293 -0.998 1.00 1.00 +ATOM 10 X RES 1 0.311 -1.332 -0.788 1.00 1.00 +ATOM 11 X RES 1 0.102 -0.103 -2.524 1.00 1.00 +ATOM 15 X RES 1 1.253 0.498 -0.359 1.00 1.00 +ATOM 16 X RES 1 1.914 1.295 -0.996 1.00 1.00 +ATOM 17 X RES 1 1.507 0.271 0.938 1.00 1.00 +ATOM 18 X RES 1 0.916 -0.357 1.417 1.00 1.00 +ATOM 19 X RES 1 2.564 0.924 1.669 1.00 1.00 END ATOM 1 X RES 1 -3.026 -0.038 1.071 1.00 1.00 -ATOM 5 X RES 5 -1.672 -0.463 0.677 1.00 1.00 -ATOM 6 X RES 6 -1.031 -1.254 1.354 1.00 1.00 -ATOM 7 X RES 7 -1.176 0.065 -0.449 1.00 1.00 -ATOM 8 X RES 8 -1.710 0.718 -0.960 1.00 1.00 -ATOM 9 X RES 9 0.112 -0.289 -1.005 1.00 1.00 -ATOM 10 X RES 10 0.299 -1.334 -0.823 1.00 1.00 -ATOM 11 X RES 11 0.080 -0.060 -2.527 1.00 1.00 -ATOM 15 X RES 15 1.270 0.476 -0.368 1.00 1.00 -ATOM 16 X RES 16 1.988 1.199 -1.020 1.00 1.00 -ATOM 17 X RES 17 1.477 0.307 0.944 1.00 1.00 -ATOM 18 X RES 18 0.849 -0.271 1.432 1.00 1.00 -ATOM 19 X RES 19 2.539 0.944 1.674 1.00 1.00 +ATOM 5 X RES 1 -1.672 -0.463 0.677 1.00 1.00 +ATOM 6 X RES 1 -1.031 -1.254 1.354 1.00 1.00 +ATOM 7 X RES 1 -1.176 0.065 -0.449 1.00 1.00 +ATOM 8 X RES 1 -1.710 0.718 -0.960 1.00 1.00 +ATOM 9 X RES 1 0.112 -0.289 -1.005 1.00 1.00 +ATOM 10 X RES 1 0.299 -1.334 -0.823 1.00 1.00 +ATOM 11 X RES 1 0.080 -0.060 -2.527 1.00 1.00 +ATOM 15 X RES 1 1.270 0.476 -0.368 1.00 1.00 +ATOM 16 X RES 1 1.988 1.199 -1.020 1.00 1.00 +ATOM 17 X RES 1 1.477 0.307 0.944 1.00 1.00 +ATOM 18 X RES 1 0.849 -0.271 1.432 1.00 1.00 +ATOM 19 X RES 1 2.539 0.944 1.674 1.00 1.00 END ATOM 1 X RES 1 -3.010 -0.065 1.089 1.00 1.00 -ATOM 5 X RES 5 -1.658 -0.485 0.680 1.00 1.00 -ATOM 6 X RES 6 -1.018 -1.299 1.334 1.00 1.00 -ATOM 7 X RES 7 -1.166 0.067 -0.433 1.00 1.00 -ATOM 8 X RES 8 -1.699 0.738 -0.926 1.00 1.00 -ATOM 9 X RES 9 0.112 -0.285 -1.013 1.00 1.00 -ATOM 10 X RES 10 0.287 -1.336 -0.857 1.00 1.00 -ATOM 11 X RES 11 0.058 -0.016 -2.529 1.00 1.00 -ATOM 15 X RES 15 1.287 0.453 -0.377 1.00 1.00 -ATOM 16 X RES 16 2.062 1.101 -1.042 1.00 1.00 -ATOM 17 X RES 17 1.447 0.343 0.951 1.00 1.00 -ATOM 18 X RES 18 0.783 -0.184 1.445 1.00 1.00 -ATOM 19 X RES 19 2.516 0.966 1.678 1.00 1.00 +ATOM 5 X RES 1 -1.658 -0.485 0.680 1.00 1.00 +ATOM 6 X RES 1 -1.018 -1.299 1.334 1.00 1.00 +ATOM 7 X RES 1 -1.166 0.067 -0.433 1.00 1.00 +ATOM 8 X RES 1 -1.699 0.738 -0.926 1.00 1.00 +ATOM 9 X RES 1 0.112 -0.285 -1.013 1.00 1.00 +ATOM 10 X RES 1 0.287 -1.336 -0.857 1.00 1.00 +ATOM 11 X RES 1 0.058 -0.016 -2.529 1.00 1.00 +ATOM 15 X RES 1 1.287 0.453 -0.377 1.00 1.00 +ATOM 16 X RES 1 2.062 1.101 -1.042 1.00 1.00 +ATOM 17 X RES 1 1.447 0.343 0.951 1.00 1.00 +ATOM 18 X RES 1 0.783 -0.184 1.445 1.00 1.00 +ATOM 19 X RES 1 2.516 0.966 1.678 1.00 1.00 END ATOM 1 X RES 1 -3.013 0.019 1.060 1.00 1.00 -ATOM 5 X RES 5 -1.669 -0.444 0.677 1.00 1.00 -ATOM 6 X RES 6 -1.058 -1.267 1.351 1.00 1.00 -ATOM 7 X RES 7 -1.149 0.076 -0.438 1.00 1.00 -ATOM 8 X RES 8 -1.655 0.757 -0.948 1.00 1.00 -ATOM 9 X RES 9 0.119 -0.327 -1.005 1.00 1.00 -ATOM 10 X RES 10 0.256 -1.380 -0.829 1.00 1.00 -ATOM 11 X RES 11 0.076 -0.081 -2.527 1.00 1.00 -ATOM 15 X RES 15 1.319 0.385 -0.380 1.00 1.00 -ATOM 16 X RES 16 2.169 0.908 -1.063 1.00 1.00 -ATOM 17 X RES 17 1.413 0.392 0.958 1.00 1.00 -ATOM 18 X RES 18 0.700 -0.049 1.468 1.00 1.00 -ATOM 19 X RES 19 2.493 1.010 1.676 1.00 1.00 +ATOM 5 X RES 1 -1.669 -0.444 0.677 1.00 1.00 +ATOM 6 X RES 1 -1.058 -1.267 1.351 1.00 1.00 +ATOM 7 X RES 1 -1.149 0.076 -0.438 1.00 1.00 +ATOM 8 X RES 1 -1.655 0.757 -0.948 1.00 1.00 +ATOM 9 X RES 1 0.119 -0.327 -1.005 1.00 1.00 +ATOM 10 X RES 1 0.256 -1.380 -0.829 1.00 1.00 +ATOM 11 X RES 1 0.076 -0.081 -2.527 1.00 1.00 +ATOM 15 X RES 1 1.319 0.385 -0.380 1.00 1.00 +ATOM 16 X RES 1 2.169 0.908 -1.063 1.00 1.00 +ATOM 17 X RES 1 1.413 0.392 0.958 1.00 1.00 +ATOM 18 X RES 1 0.700 -0.049 1.468 1.00 1.00 +ATOM 19 X RES 1 2.493 1.010 1.676 1.00 1.00 END ATOM 1 X RES 1 -2.919 -0.033 1.281 1.00 1.00 -ATOM 5 X RES 5 -1.603 -0.482 0.798 1.00 1.00 -ATOM 6 X RES 6 -0.939 -1.307 1.419 1.00 1.00 -ATOM 7 X RES 7 -1.169 0.054 -0.345 1.00 1.00 -ATOM 8 X RES 8 -1.711 0.738 -0.810 1.00 1.00 -ATOM 9 X RES 9 0.053 -0.340 -1.010 1.00 1.00 -ATOM 10 X RES 10 0.204 -1.393 -0.855 1.00 1.00 -ATOM 11 X RES 11 -0.110 -0.081 -2.523 1.00 1.00 -ATOM 15 X RES 15 1.298 0.372 -0.479 1.00 1.00 -ATOM 16 X RES 16 2.142 0.816 -1.227 1.00 1.00 -ATOM 17 X RES 17 1.442 0.471 0.851 1.00 1.00 -ATOM 18 X RES 18 0.744 0.079 1.417 1.00 1.00 -ATOM 19 X RES 19 2.567 1.105 1.483 1.00 1.00 +ATOM 5 X RES 1 -1.603 -0.482 0.798 1.00 1.00 +ATOM 6 X RES 1 -0.939 -1.307 1.419 1.00 1.00 +ATOM 7 X RES 1 -1.169 0.054 -0.345 1.00 1.00 +ATOM 8 X RES 1 -1.711 0.738 -0.810 1.00 1.00 +ATOM 9 X RES 1 0.053 -0.340 -1.010 1.00 1.00 +ATOM 10 X RES 1 0.204 -1.393 -0.855 1.00 1.00 +ATOM 11 X RES 1 -0.110 -0.081 -2.523 1.00 1.00 +ATOM 15 X RES 1 1.298 0.372 -0.479 1.00 1.00 +ATOM 16 X RES 1 2.142 0.816 -1.227 1.00 1.00 +ATOM 17 X RES 1 1.442 0.471 0.851 1.00 1.00 +ATOM 18 X RES 1 0.744 0.079 1.417 1.00 1.00 +ATOM 19 X RES 1 2.567 1.105 1.483 1.00 1.00 END ATOM 1 X RES 1 -2.926 -0.048 1.251 1.00 1.00 -ATOM 5 X RES 5 -1.611 -0.502 0.771 1.00 1.00 -ATOM 6 X RES 6 -0.966 -1.351 1.377 1.00 1.00 -ATOM 7 X RES 7 -1.154 0.059 -0.349 1.00 1.00 -ATOM 8 X RES 8 -1.680 0.765 -0.802 1.00 1.00 -ATOM 9 X RES 9 0.068 -0.336 -1.014 1.00 1.00 -ATOM 10 X RES 10 0.200 -1.395 -0.886 1.00 1.00 -ATOM 11 X RES 11 -0.079 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which to write out the path"); + keys.add("compulsory","WSTRIDE","0,","frequency with which to write out the path"); keys.setValueDescription("the position along and from the adaptive path"); keys.needsAction("GEOMETRIC_PATH"); keys.needsAction("AVERAGE_PATH_DISPLACEMENT"); keys.needsAction("REPARAMETERIZE_PATH"); keys.needsAction("DUMPPDB"); @@ -140,8 +140,7 @@ AdaptivePath::AdaptivePath(const ActionOptions& ao): // Create the object to update the path std::string fixedn; parse("FIXED",fixedn); std::string component="METRIC_COMPONENT=disp"; if( argnames.size()>0 ) { metric="DIFFERENCE"; component=""; } - if( fixedn.length()>0 ) readInputLine("REPARAMETERIZE_PATH DISPLACE_FRAMES=" + getShortcutLabel() + "_disp FIXED=" + fixedn + " STRIDE=" + update + " METRIC={" + metric + "} " + component + " REFERENCE=" + reference_data ); - else readInputLine("REPARAMETERIZE_PATH DISPLACE_FRAMES=" + getShortcutLabel() + "_disp STRIDE=" + update + " METRIC={" + metric + "} " + component + " REFERENCE=" + reference_data ); + readInputLine("REPARAMETERIZE_PATH DISPLACE_FRAMES=" + getShortcutLabel() + "_disp FIXED=" + fixedn + " STRIDE=" + update + " METRIC={" + metric + "} " + component + " REFERENCE=" + reference_data ); // Information for write out std::string wfilename; parse("WFILE",wfilename); @@ -152,6 +151,11 @@ AdaptivePath::AdaptivePath(const ActionOptions& ao): FILE* fp=std::fopen(reference.c_str(),"r"); double fake_unit=0.1; PDB mypdb; bool do_read=mypdb.readFromFilepointer(fp,false,fake_unit); std::string num; Tools::convert( mypdb.getAtomNumbers()[0].serial(), atomstr ); for(unsigned j=1; j