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DTSyn(Dual-Transformer neural network predicting Synergistic pairs)

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• 背景介绍
• 数据集
  • ddi
  • lincs
  • rna
• 使用说明
  • 训练与评估
• 引用

背景

药物联用可以解决单药使用面料的耐药，毒副作用过大等问题。当前双药联合使用同时还面临着组合爆炸，机理不明确等问题。本模型通过借助transformer结构从不同粒度出发捕获不同角度的生物学互作信息。

数据集

药物协同的分值文件放在 data 文件夹下。

训练集

cd data && "wget https://baidu-nlp.bj.bcebos.com/PaddleHelix/datasets/drug_synergy_datasets/DTSyn.tgz" && tar xzvf DTSyn.tgz

使用说明

为了方便展示，我们构建了一个脚本， main.py 用法如下:

CUDA_VISIBLE_DEVICES=0 python3 main.py 
                         --ddi ./data/ddi.csv
                         --lincs ./data//gene_vector.csv
                         --rna ./data/rna.csv
                         --epochs 150  

引用

DTSyn

@article{jing2022DTSyn, title={DTSyn: a dual-transformer-based neural network to predict synergistic drug combinations}, author={Jing Hu, Jie Gao, Xiaomin Fang, Zijing Liu, Fan Wang, Weili Huang, Hua Wu, Guodong Zhao}, journal={preprint on bioRxiv} }