Que tal tentar criar um diretório na sua área de trabalho? Você pode fazer assim:
$ mkdir umapasta
Este comando cria uma pasta com o nome umapasta no diretório em que você está (No caso do Codenvy, você provavelmente está no diretório projects). Após executar este comando, a pasta deve ter sido criada. Vamos verificar se a pasta do projeto está lá?