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Sequences.java
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Sequences.java
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import java.io.*;
import java.util.ArrayList;
/* Contains the Main */
public class Sequences {
//---------------------------------------
// attributs
//---------------------------------------
private ArrayList<Sequence> data;
//---------------------------------------
// methods
//---------------------------------------
public Sequences(String file) {
BufferedReader br = null;
String nom = null;
String sequence = null;
this.data = new ArrayList<Sequence>();
try {
br = new BufferedReader (new FileReader(file));
String line;
while ((line = br.readLine()) != null) {
if (line.matches(">.*")) {
nom = line;
}
else {
sequence = line;
Sequence s = new Sequence(nom, sequence);
this.data.add(s);
}
}
br.close();
} catch(FileNotFoundException e) {
//ce qu'il se passe quand le fichier n'est pas trouve
System.out.println("Fail!!!!!!");
} catch(IOException e) {
System.out.println("Erreur de lecture");
} catch (Exception e) {
System.out.println("Toujours pas. N'oublie pas de préciser le fichier d'entree");
}
}
/*recuperer la sequence numero i de la liste
*entier i entre 0 et n-1 où n est la longueur de la liste
*/
public Sequence getSequence(int i)
{
return data.get(i);
}
public ArrayList<Sequence> getListeSeq()
{
return data;
}
//---------------------------------------
// main
//---------------------------------------
public static void main (String[] args)
{
String input = null;
Sequences donnees;
UPGMA upgma;
Alignement A;
Affichage f;
/*acquisition des donnees*/
for (String s: args)
{
input = s;
}
donnees = new Sequences(input);
upgma = new UPGMA(donnees);
A = new Alignement(upgma);
f = new Affichage(A);
}
}