chemistry.json

{
    "chromiumV3": {
        "length": "58",
        "bc_cut": "",
        "R1": "[WHITELIST_V3,\"--soloUMIlen 12 --clip5pNbases 58 0 --soloCBstart 1 --soloCBlen 16 --soloUMIstart 17\"]",
        "R2": "[WHITELIST_V3,\"--soloUMIlen 12\"]",
        "paired": "[\"--alignEndsProtrude 58 ConcordantPair\"]"
    },
    "chromiumV3UG": {
        "length": "58",
        "bc_cut": "",
        "R1": "[WHITELIST_V3,\"--soloUMIlen 9 --clip5pNbases 58 --soloCBstart 23 --soloCBlen 16 --soloUMIstart 39\"]"
    },
    "chromiumV2": {
        "length": "56",
        "bc_cut": "",
        "R1": "[WHITELIST_V2,\"--soloUMIlen 10 --clip5pNbases 56 0 --soloCBstart 1 --soloCBlen 16 --soloUMIstart 17\"]",
        "R2": "[WHITELIST_V2,\"--soloUMIlen 10\"]",
        "paired": "[\"--alignEndsProtrude 56 ConcordantPair\"]"
    },
    "dropseq": {
        "length": "50",
        "bc_cut": "",
        "R1": "[\"None --soloUMIlen 8 --clip5pNbases 50 0 --soloCBstart 1 --soloCBlen 12 --soloUMIstart 13\"]",
        "R2": "[\"None --soloUMIlen 8 --soloCBstart 1 --soloCBlen 12 --soloUMIstart 13\"]",
        "paired": "[\"--alignEndsProtrude 50 ConcordantPair\"]"
    },
    "microwellseq": {
        "length": "54",
        "bc_cut": "CGACTCACTACAGGG...TCGGTGACACGATCG",
        "R1": "[\"None --soloUMIlen 6 --clip5pNbases 54 0 --soloCBstart 1 --soloCBlen 18 --soloUMIstart 19\"]",
        "R2": "[\"None --soloUMIlen 6 --soloCBstart 1 --soloCBlen 18 --soloUMIstart 19\"]",
        "paired": "[\"--alignEndsProtrude 54 ConcordantPair\"]"
    },
    "bd": {
        "length": "53",
        "bc_cut": "ACTGGCCTGCGA...GGTAGCGGTGACA",
        "R1": "[\"None --soloUMIlen 8 --clip5pNbases 53 0 --soloCBstart 1 --soloCBlen 27 --soloUMIstart 28\"]",
        "R2": "[\"None --soloUMIlen 8 --soloCBstart 1 --soloCBlen 27 --soloUMIstart 28\"]",
        "paired": "[\"--alignEndsProtrude 53 ConcordantPair\"]"
    },
    "indrop": {
        "length": "32",
        "bc_cut": "",
        "R1": "[\"None --soloUMIlen 6 --clip5pNbases 32 0 --soloCBstart 1 --soloCBlen 8 --soloUMIstart 9\"]",
        "R2": "[\"None --soloUMIlen 6 --soloCBstart 1 --soloCBlen 8 --soloUMIstart 9\"]",
        "paired": "[\"--alignEndsProtrude 32 ConcordantPair\"]"
    }
}