ngs_RUMSTATUS.sh

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# INPUT: n/a
# OUTPUT: n/a
# REQUIRES: RUM version 2
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# USAGE
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NGS_USAGE+="Usage: `basename $0` rumstatus sampleID    --  get status of RUM run\n"

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# HELP TEXT
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ngsHelp_RUMSTATUS() {
	echo -e "Usage:\n\t`basename $0` rumstatus sampleID\n"
	echo -e "Returns the output from RUM status command. This will only work if rumalign has previously been run."
}

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# PROCESSING COMMAND LINE ARGUMENTS
# RUMSTATUS args: sampleID
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ngsArgs_RUMSTATUS() {
	if [ $# -lt 1 ]; then printHelp "RUMSTATUS"; fi

	SAMPLE=$1
}

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# RUNNING COMMAND ACTION
# Return status of RUM job.
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ngsCmd_RUMSTATUS() {
	prnCmd "# BEGIN: RUM STATUS"
	
	prnCmd "rum_runner status --output $SAMPLE/rum"
	if ! $DEBUG; then 
		rum_runner status --output $SAMPLE/rum
	fi
		
	prnCmd "# FINISHED: RUM STATUS"
}