testRunSE.sam

@PG collate
1	345	chr21	100	1	32M	=	5892177	0	TTAGGAGCTCAGCCCGGCCAACACAGCGAAAC	EEE<EEEE/EEEEEEEEEEEEEEEEEEAAEAE	AS:i:-1	XS:i:0	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	NM:i:0	MD:Z:32	YT:Z:UP
1	345	chr21	300	1	32M	=	5771593	0	TTAGGAGCTCAGCCCGGCCAACACAGCGAAAC	EEE<EEEE/EEEEEEEEEEEEEEEEEEAAEAE	AS:i:-1	XS:i:0	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	NM:i:0	MD:Z:32	YT:Z:UP
1	177	chr9	50	1	28M	chr6	26379513	0	CCACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC	//A////A///EEEEEEEEEEEEEEEEE	AS:i:10	XS:i:0	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	NM:i:0	MD:Z:28	YT:Z:UP
1	177	chr21	103	1	28M	chr6	26379513	0	CCACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC	//A////A///EEEEEEEEEEEEEEEEE	AS:i:15	XS:i:0	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	NM:i:0	MD:Z:28	YT:Z:UP
2	83	chr4	500	255	32M	=	153773210	-49	TGGGGAATTCTCCAGTTGCACTTGTGTGGTAA	EEEEEEEEEEEEEAEEEEEEEEAEAEEEEEEE	AS:i:8	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	NM:i:0	MD:Z:32	YS:i:0	YT:Z:CP
2	83	chr4	500	255	32M	=	153773210	-49	TGGGGAATTCTCCAGTTGCACTTGTGTGGTAA	EEEEEEEEEEEEEAEEEEEEEEAEAEEEEEEE	AS:i:10	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	NM:i:0	MD:Z:32	YS:i:0	YT:Z:CP
3	163	chr21	101	255	28M	=	153773227	49	CCTAATGTGGTGTATCCTGGGGAATTCT	EEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEAEEEEE	AS:i:-6	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	NM:i:0	MD:Z:28	YS:i:0	YT:Z:CP
3	163	chr2	101	255	28M	=	153773227	49	CCTAATGTGGTGTATCCTGGGGAATTCT	EEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEAEEEEE	AS:i:-6	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	NM:i:0	MD:Z:28	YS:i:0	YT:Z:CP
3	163	chr4	500	255	28M	=	153773227	49	CCTAATGTGGTGTATCCTGGGGAATTCT	EEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEAEEEEE	AS:i:-6	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	NM:i:0	MD:Z:28	YS:i:0	YT:Z:CP
3	163	chr4	500	255	28M	=	153773227	49	CCTAATGTGGTGTATCCTGGGGAATTCT	EEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEAEEEEE	AS:i:-6	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	NM:i:0	MD:Z:28	YS:i:0	YT:Z:CP
4	163	chr2	103	255	28M	=	153773227	49	CCTAATGTGGTGTATCCTGGGGAATTCT	EEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEAEEEEE	AS:i:-7	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	NM:i:0	MD:Z:28	YS:i:0	YT:Z:CP
4	163	chr4	500	255	28M	=	153773227	49	CCTAATGTGGTGTATCCTGGGGAATTCT	EEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEAEEEEE	AS:i:-7	XN:i:0	XM:i:0	XO:i:0	XG:i:0	NM:i:0	MD:Z:28	YS:i:0	YT:Z:CP