diff --git a/tasks/task_nullarbor.wdl b/tasks/task_nullarbor.wdl index de17070c2..3912216f9 100644 --- a/tasks/task_nullarbor.wdl +++ b/tasks/task_nullarbor.wdl @@ -70,14 +70,14 @@ task nullarbor_tsv { done # Run Nullarbor on the input assembly with the --all flag nullarbor.pl \ - --name ~{run_name} \ - --ref ~{ref_genome} \ - --input nullarbor_input.tsv \ - --outdir nullarbor_outdir \ - --assembler ~{assembler} \ - --treebuilder ~{tree_builder} \ - --taxoner ~{taxoner} \ - --verbose + --name ~{run_name} \ + --ref ~{ref_genome} \ + --input nullarbor_input.tsv \ + --outdir nullarbor_outdir \ + --assembler ~{assembler} \ + --treebuilder ~{tree_builder} \ + --taxoner ~{taxoner} \ + --verbose #Run makefile make preview -C nullarbor_outdir/ nice make all -j 2 -l 4 -C nullarbor_outdir/ 2>&1 | tee -a nullarbor_outdir/nullarbor.log