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@nealpsmith
nealpsmith committed Apr 3, 2024
1 parent 4c30e91 commit 3a11b8d
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12 changes: 6 additions & 6 deletions figure_scripts/extended_data_figure_9/extended_data_figure_9.html
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10 changes: 5 additions & 5 deletions figure_scripts/extended_data_figure_9/extended_data_figure_9.md
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Expand Up @@ -60,7 +60,7 @@ tissue_obs <- read_csv('/projects/home/ikernin/projects/myocarditis/updated_data
```

## Rows: 84576 Columns: 19
## ── Column specification ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
## ── Column specification ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
## Delimiter: ","
## chr (13): barcodekey, Channel, fatal, on_steroids, condition, sex, donor, so...
## dbl (6): n_genes, n_counts, percent_mito, scale, leiden_labels, umap_numbers
Expand All @@ -75,15 +75,15 @@ tissue_obs <- read_csv('/projects/home/ikernin/projects/myocarditis/updated_data
tissue_fibroblast = pg.read_input('/projects/myocarditis/data/heart/final_clusters/tissue_fibroblast.zarr')
```

## 2024-04-03 16:56:16,661 - pegasusio.readwrite - INFO - zarr file '/projects/myocarditis/data/heart/final_clusters/tissue_fibroblast.zarr' is loaded.
## 2024-04-03 16:56:16,661 - pegasusio.readwrite - INFO - Function 'read_input' finished in 0.20s.
## 2024-04-03 17:12:35,255 - pegasusio.readwrite - INFO - zarr file '/projects/myocarditis/data/heart/final_clusters/tissue_fibroblast.zarr' is loaded.
## 2024-04-03 17:12:35,255 - pegasusio.readwrite - INFO - Function 'read_input' finished in 0.20s.

``` python
supp_fig9a_genes = ['CXCL9', 'CXCL10', 'CXCL11', 'CXCL16', 'CCL5', 'CCL19', 'ACTA2', 'HLA-DRA', 'GBP4']
python_functions.multi_hex_featureplot(tissue_fibroblast, supp_fig9a_genes, ncol=3, cmap=python_functions.blues_cmap, gridsize=200)
```

## 0%| | 0/9 [00:00<?, ?it/s] 11%|########################1 | 1/9 [00:00<00:02, 3.52it/s] 22%|################################################2 | 2/9 [00:00<00:01, 4.03it/s] 33%|########################################################################3 | 3/9 [00:00<00:01, 4.00it/s] 44%|################################################################################################4 | 4/9 [00:00<00:01, 4.45it/s] 56%|########################################################################################################################5 | 5/9 [00:01<00:00, 4.26it/s] 67%|################################################################################################################################################6 | 6/9 [00:01<00:00, 4.66it/s] 78%|########################################################################################################################################################################7 | 7/9 [00:01<00:00, 4.41it/s] 89%|################################################################################################################################################################################################8 | 8/9 [00:01<00:00, 4.80it/s]100%|#########################################################################################################################################################################################################################| 9/9 [00:01<00:00, 4.50it/s]
## 0%| | 0/9 [00:00<?, ?it/s] 11%|######################3 | 1/9 [00:00<00:02, 3.50it/s] 22%|############################################6 | 2/9 [00:00<00:01, 4.00it/s] 33%|################################################################### | 3/9 [00:00<00:01, 3.99it/s] 44%|#########################################################################################3 | 4/9 [00:00<00:01, 4.44it/s] 56%|###############################################################################################################6 | 5/9 [00:01<00:00, 4.25it/s] 67%|###################################################################################################################################### | 6/9 [00:01<00:00, 4.66it/s] 78%|############################################################################################################################################################3 | 7/9 [00:01<00:00, 4.42it/s] 89%|##################################################################################################################################################################################6 | 8/9 [00:01<00:00, 4.25it/s]100%|#########################################################################################################################################################################################################| 9/9 [00:01<00:00, 4.66it/s]

<img src="extended_data_figure_9_files/figure-gfm/fig_s9a-1.png" width="1728" />

Expand Down Expand Up @@ -112,7 +112,7 @@ tissue_troponin_metadata <- read_csv('/projects/home/ikernin/projects/myocarditi
```

## Rows: 13 Columns: 3
## ── Column specification ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
## ── Column specification ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
## Delimiter: ","
## chr (1): donor
## dbl (2): nearest_troponin, days_from_collection
Expand Down
Binary file modified ...ts/extended_data_figure_9/extended_data_figure_9_files/figure-gfm/fig_s9c-1.png
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