update SPI informations in histBiodiv and Range visual

2_Ranges_SPI_visual.qmd

@@ -16,21 +16,12 @@ last_spi_occ$SPI2 <- round(last_spi_occ$SPI, digits = 3)
 
 # colors
 col_pal <- c("#440154FF", "#39568CFF", "#1F968BFF", "#73D055FF")
-
-# SPI metrics
-mean_SPI_NORTH <- mean(last_spi_N$SPI_NORTH, na.rm = T)*100
-sd_SPI_NORTH <- sd(last_spi_N$SPI_NORTH, na.rm = T)*100
-
-mean_SPI_SOUTH <- mean(last_spi_S$SPI_SOUTH, na.rm = T)*100
-sd_SPI_SOUTH <- sd(last_spi_S$SPI_SOUTH, na.rm = T)*100
-
 ```
 
 ## **Augmentation de la protection de toutes les espèces ciblées au cours des 61 dernières années**  
-Augmentation minimale de 1% pour la Salamande sombre des montagnes (*Desmognathus ochrophaeus*)  
-Augmentation maximale de 70% pour la Rainette faux grillon (*Pseudacris maculata*)  
-Avec une moyenne de 11% pour les 225 espèces considérées  
-À mettre en lien avec le seuil Aichi de 17% et/ou les cibles du cadre mondial de la biodiversité 
+Augmentation minimale de `r round(min(SPI_trend_range$trend)*100, digit = 0)`% pour `r SPI_trend_range$vernacular[SPI_trend_range$trend == min(SPI_trend_range$trend)]` (*`r SPI_trend_range$species[SPI_trend_range$trend == min(SPI_trend_range$trend)]`*)  
+Augmentation maximale de `r round(max(SPI_trend_range$trend)*100, digit = 0)`% pour `r SPI_trend_range$vernacular[SPI_trend_range$trend == max(SPI_trend_range$trend)]` (*`r SPI_trend_range$species[SPI_trend_range$trend == max(SPI_trend_range$trend)]`*)  
+Avec une moyenne de `r round(mean(SPI_trend_range$trend, na.rm = T)*100, digit = 0)`% (sd = `r round(sd(SPI_trend_range$trend)*100, digit = 0)` %) pour les `r nrow(SPI_trend_range)` espèces considérées  
 
 
 ```{r RANGES_SPI_species, echo=F, warnings=F}
@@ -121,10 +112,10 @@ fig <- fig %>% toWebGL()
 fig
 ```
 
-## **Etat de la protection des espèces du nord vs. du Sud**  
+## **Etat de la protection des espèces du nord vs. du Sud en 2023**  
 
-Les espèces du Nord présentent un SPI moyen de `r mean_SPI_NORTH`­­% (sd = `r sd_SPI_NORTH`­%).  
-Les espèces du Sud présentent un SPI moyen `r mean_SPI_SOUTH`­% (sd = `r sd_SPI_SOUTH`%).  
+Les espèces présentent exclusivement au Nord présentent un SPI moyen de `r round(mean(last_spi_N$SPI_NORTH, na.rm = T)*100, digit = 2)`­­% (sd = `r round(sd(last_spi_N$SPI_NORTH, na.rm = T)*100, digit = 2)`­%).  
+Les espèces présentent exclusivement au Sud présentent un SPI moyen `r round(mean(last_spi_S$SPI_SOUTH, na.rm = T)*100, digit = 2)`­% (sd = `r round(sd(last_spi_S$SPI_SOUTH, na.rm = T)*100, digit = 2)`%).  
 
 :::{.panel-tabset}
 
@@ -255,7 +246,22 @@ fig <- subplot(fig_N, fig_S)
 fig
 ```
 :::
-## **Etat de la protection des espèces par groupe taxonomique**  
+## **Etat de la protection des espèces par groupe taxonomique en 2023**  
+
+``` {r taxo_description, echo = FALSE, results = 'asis'}
+
+template <- "Les %s présentent un SPI moyen de %s (sd = %s, n = %s).  
+"
+
+for (i in seq(nrow(spi_taxo))) {
+  current <- spi_taxo[i, ]
+  cat(sprintf(template,
+                current$group_fr,
+                round(current$mean, digit = 2),
+                round(current$sd, digit = 2),
+                current$n))
+}
+```
 
 ```{r RANGES_SPI_2023_taxo, echo=F, warning = FALSE}
 #| label: fig-spi_2023_groupe_taxo

hist_biodiv.qmd

@@ -20,11 +20,11 @@ SPI_RANGES_2023 <- SPI_RANGES[SPI_RANGES$YEAR == 2023,]
 
 ### Contexte
 
-Le Québec a annoncé le 31 décembre 2020 avoir atteint son objectif de protection de 17% du territoire ([registre des aires protégées du Québec](https://www.environnement.gouv.qc.ca/biodiversite/aires_protegees/registre/)) YAY !!! Est-ce que la biodiversité est représentée par ces aires protégées ?
+Le Québec a annoncé le 31 décembre 2020 avoir atteint son objectif de protection de 17% du territoire ([registre des aires protégées du Québec](https://www.environnement.gouv.qc.ca/biodiversite/aires_protegees/registre/)). Mais la biodiversité est-elle représentée par ces aires protégées ?
 
-Nous avons mesuré pour plusieurs espèces la quantité d'habitats favorable qui se trouve protégée et avons estimé la représentativité de la biodiversité dans les aires protégées. Nous avons mesuré la proportion de l'aire de répartition de plusieurs espèces (Amphibiens, Mammifères, Poissons, Reptiles) qui se trouve protégée par des aires protégées inscrites au registre du Québec. Ces aires de répartition informent sur la présence de l'espèce au Québec et la proportion de ces aires qui sont protégées nous informe sur la représentativité de la biodiversité dans les aires protégées.
+Pour explorer cette question, nous avons mesuré la proportion de l'aire de répartition de plusieurs espèces (Amphibiens, Mammifères, Poissons, Reptiles) qui se trouve protégée par des aires protégées inscrites au registre du Québec. Ces aires de répartition informent sur la présence de l'espèce au Québec et la proportion de ces aires qui sont protégées nous informe sur la représentativité de la biodiversité dans les aires protégées.
 
-Nous avons comparé ces résultats à ceux obtenus avec les occurrences du CDPNQ. Ces dernières se concentrent sur les espèces en situation précaire et sont construites à partir d'une ou de plusieurs observations. Informé par les observations, une zone délimitant l'habitat utilisé par la population est tracée pour définir l'occurrence. Les occurrences représentent donc l'habitat utilisé par une population locale. 
+Nous avons comparé ces résultats à ceux obtenus avec les occurrences du CDPNQ. Ces dernières se concentrent sur les espèces en situation précaire et sont construites à partir d'une ou de plusieurs observations. L'occurrence est définie par une zone tampon établie autour des observations, caractérisant ainsi l'habitat utilisé par une population locale. 
 
 L'intérêt de cette comparaison est de voir si la protection des habitats où la présence d'une espèce est confirmée est comparable à la protection des habitats potentiels de l'espèce (aire de distribution). 
 
@@ -56,9 +56,9 @@ Visualisation des résultats dans l'[onglet](https://reseaubiodiversitequebec.gi
 
 - Augmentation de la protection pour tous les groupes d'espèces
 - En moyenne, 11% de la superficie des aires de distribution se trouvent dans des aires protégées. C'est en deçà de l'objectif de 17% de protection du territoire.
-- Nombre d'espèces protégées à 17% : `r sum(SPI_RANGES_2023$SPI >= 0.17, na.rm = T)` espèces (`r sum(SPI_RANGES_2023$SPI >= 0.17, na.rm = T) / nrow(SPI_RANGES_2023) * 100`%)
-  - `r sum(SPI_RANGES_2023$SPI_NORTH >= 0.17, na.rm = T)` espèces (`r sum(SPI_RANGES_2023$SPI_NORTH >= 0.17, na.rm = T) / nrow(SPI_RANGES_2023) * 100`%) dans le nord
-  - `r sum(SPI_RANGES_2023$SPI_SOUTH >= 0.17, na.rm = T)` espèces (`r sum(SPI_RANGES_2023$SPI_SOUTH >= 0.17, na.rm = T) / nrow(SPI_RANGES_2023) * 100`%) dans le sud
+- Nombre d'espèces protégées à 17% : `r sum(SPI_RANGES_2023$SPI >= 0.17, na.rm = T)` espèces (`r round(sum(SPI_RANGES_2023$SPI >= 0.17, na.rm = T) / nrow(SPI_RANGES_2023) * 100, digit = 2)`%)
+  - `r sum(SPI_RANGES_2023$SPI_NORTH >= 0.17, na.rm = T)` espèces (`r round(sum(SPI_RANGES_2023$SPI_NORTH >= 0.17, na.rm = T) / nrow(SPI_RANGES_2023) * 100, digit = 2)`%) dans le nord
+  - `r sum(SPI_RANGES_2023$SPI_SOUTH >= 0.17, na.rm = T)` espèces (`r round(sum(SPI_RANGES_2023$SPI_SOUTH >= 0.17, na.rm = T) / nrow(SPI_RANGES_2023) * 100, digit = 2)`%) dans le sud
 
 **Occurrences**
 
@@ -69,14 +69,14 @@ Visualisation des résultats dans l'[onglet](https://reseaubiodiversitequebec.gi
   - Les aires protégées protègent davantage les habitats utilisés par les espèces en situation précaire
   - Les espèces en situation précaire sont plus souvent observées dans des aires protégées
   - Réalité : un peu des deux
-- Nombre d'espèces protégées à 17% : `r sum(SPI_OCC_2023$SPI >= 0.17, na.rm = T)` espèces (`r sum(SPI_OCC_2023$SPI >= 0.17, na.rm = T) / nrow(SPI_OCC_2023) * 100`%)
-  - `r sum(SPI_OCC_2023$SPI_NORTH >= 0.17, na.rm = T)` espèces (`r sum(SPI_OCC_2023$SPI_NORTH >= 0.17, na.rm = T) / nrow(SPI_OCC_2023) * 100`%) dans le nord
-  - `r sum(SPI_OCC_2023$SPI_SOUTH >= 0.17, na.rm = T)` espèces (`r sum(SPI_OCC_2023$SPI_SOUTH >= 0.17, na.rm = T) / nrow(SPI_OCC_2023) * 100`%) dans le sud
+- Nombre d'espèces protégées à 17% : `r sum(SPI_OCC_2023$SPI >= 0.17, na.rm = T)` espèces (`r round(sum(SPI_OCC_2023$SPI >= 0.17, na.rm = T) / nrow(SPI_OCC_2023) * 100, digit = 2)`%)
+  - `r sum(SPI_OCC_2023$SPI_NORTH >= 0.17, na.rm = T)` espèces (`r round(sum(SPI_OCC_2023$SPI_NORTH >= 0.17, na.rm = T) / nrow(SPI_OCC_2023) * 100, digit = 2)`%) dans le nord
+  - `r sum(SPI_OCC_2023$SPI_SOUTH >= 0.17, na.rm = T)` espèces (`r round(sum(SPI_OCC_2023$SPI_SOUTH >= 0.17, na.rm = T) / nrow(SPI_OCC_2023) * 100, digit = 2)`%) dans le sud
 
 ### Protection des espèces dans le Nord vs. dans le Sud
 - Les espèces du nord sont mieux protégées que celles du sud : 
-  - `r mean(SPI_RANGES_2023$SPI_NORTH, na.rm = T)`% de la superfice > 50e parallèle vs. `r mean(SPI_RANGES_2023$SPI_SOUTH, na.rm = T)`% sous le 50e parallèle de la superficie des aires de distribution est protégée
-  - `r mean(SPI_OCC_2023$SPI_NORTH, na.rm = T)`% de la superfice > 50e parallèle vs. `r mean(SPI_OCC_2023$SPI_SOUTH, na.rm = T)`% sous le 50e parallèle de la superficie des occurrences est protégée
+  - `r round(mean(SPI_RANGES_2023$SPI_NORTH, na.rm = T), digit = 2)`% (sd = `r round(sd(SPI_RANGES_2023$SPI_NORTH, na.rm = T), digit = 2)`%) de la superfice > 50e parallèle vs. `r round(mean(SPI_RANGES_2023$SPI_SOUTH, na.rm = T), digit = 2)`% (sd = `r round(sd(SPI_RANGES_2023$SPI_SOUTH, na.rm = T), digit = 2)`%) sous le 50e parallèle de la superficie des aires de distribution est protégée
+  - `r round(mean(SPI_OCC_2023$SPI_NORTH, na.rm = T), digit = 2)`% (sd = `r round(sd(SPI_OCC_2023$SPI_NORTH, na.rm = T), digit = 2)`%) de la superfice > 50e parallèle vs. `r round(mean(SPI_OCC_2023$SPI_SOUTH, na.rm = T), digit = 2)`% (sd = `r round(sd(SPI_OCC_2023$SPI_SOUTH, na.rm = T), digit = 2)`%) sous le 50e parallèle de la superficie des occurrences est protégée
 
 ### État de la protection des habitats des espèces regroupées par groupe taxonomique (Amphibien, Mammifère, Poisson, Reptile)
 

scr/data_n_figures_visual.r

@@ -77,9 +77,20 @@ info_spe2 <- read.csv("./data_clean/ATLAS_info_spe_distri.csv")[, -1]
 # adding species info from Atlas (et al) with a left_join
 SPI <- left_join(SPI, info_spe2, by = join_by("SPECIES" == "observed_scientific_name"))
 
-# smoothing the curves
+
+# Computation of the SPI increase from 1876 to 2023
 spi_ls <- split(SPI, SPI$SPECIES)
 
+SPI_diff <- lapply(spi_ls, function(x){
+    latin <- unique(x$SPECIES)
+    vern <- unique(x$vernacular_fr)
+    trend <- x$SPI[x$YEAR == 2023] - x$SPI[x$YEAR == 1876]
+    td <- data.frame(data = "range_map", species = latin, vernacular = vern,  trend = trend)
+})
+SPI_trend_range <- do.call("rbind", SPI_diff)
+
+# smoothing the curves
+
 spi_smoo <- lapply(spi_ls, function(x) {
     m <- cbind(x$YEAR, x$SPI)
     sm <- smooth_ksmooth(m, smoothness = 4)
@@ -238,3 +249,9 @@ last_socc_NS <- data.frame(SPECIES = rep(df2$SPECIES, 2),
 last_spi <- SPI[SPI$YEAR == 2023, ]
 # fill informations about species
 # last_spi <- left_join(last_spi, info_spe2, by = join_by("SPECIES" == "observed_scientific_name"))
+
+spi_taxo <- last_spi %>%
+            group_by(group_fr) %>%
+            summarize(n = length(SPI),
+                      mean = mean(SPI, na.rm = T),
+                      sd = sd(SPI, na.rm = T))