Documentation du paquet rcoleo

rcoleo un paquet R permettant le retrait et l'analyse des données collectées dans le cadre du programme de suivi de la biodiversité (BdQc).

Ce paquet R expose les services postgREST de l'API de Coléo. Coléo est un système d'information sur la biodiversité du Québec développé par le laboratoire d'Écologie Intégrative de l'Université de Sherbrooke.

Installer le paquet rcoleo

devtools::install_github("BiodiversiteQuebec/rcoleo")

S'authentifier auprès de l'API

Il est fortement recommandé d'enregistrer le jeton d'accès directement en tant que Environment variable afin de s'assurer qu'il ne soit pas visible ou transmis avec votre code à un autre utilisateur. Ce jeton d'accès est unique et révocable.

file.edit("~/.Renviron")

cette linge va ouvrir un ficher text dans votre Rstudio. Ajoutez à ce ficher la ligne suivante:

RCOLEO_TOKEN=7f8df438e1be96a18436e9dab5d97d68ed0e0441d9b68f59e0ce631b2919f3aa

(utilizez votre propre token ici)

Le jeton d'accès est un exemple ici et n'est aucunement valide.

Injecter de données dans Coléo

Accédez au tutoriel d'injection.

Télécharger des données de Coléo

Accédez au tutoriel de téléchargement.