blast本地网页版

1. 介绍

使用flask和blast开发了一款基于浏览器UI的序列比对工具flask_blast。

开发环境

• python=3.6.8
• flask=1.1.1
• jquery=3.7.0

功能：可视化操作blast蛋白和DNA比对，建立本地数据库。

2. 安装

2.1 安装blast

首先去NCBI下载并安装blast软件。网址：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/

如上，如果你是windos用户，点击第一条红线对应的版本，win64.exe下载安装。如果你是linux用户，点击第二个版本安装，x64-linux.tat.gz。

2.2 安装python

如果你的电脑上已经安装了python可以跳过该步骤。

可以使用conda安装，安装完成后使用pip install flask安装flask模块。

3. 运行

运行前确保5000端口没有被占用，使用如下代码运行

python app.py

进去浏览器在地址栏输入：http://127.0.0.1:5000/static/html/blast.html

4. 使用示例

操作说明：

1. 建立数据库：上传比对的数据库fasta文件，注明是蛋白(protein)还是核酸(nucl)数据，并给数据库命名。命名格式，“物种名_数据库类型”，数据库类型可以自定义，一般为CDS/genome/prot 。点击upload fasta上传数据，开始建立数据库，数据库建立完成后会有弹窗提示
2. 输入比对数据：在输入比对数据栏下输入fasta格式的序列
3. 设置比对参数：E值一般设置为0.00001；最大输出数量默认为10；比对类型设置成蛋白或核算；比对的数据库选择你刚刚上传的数据库名；点击start blast开始比对
4. 在blast栏下查看比对结果，点击可显示具体的必对情况

5. 演示

演示视频见知乎文章底部，https://zhuanlan.zhihu.com/p/709654252