提供图形界面，让不会命令行的人也可以使用生信工具简便地分析基因编辑效果。
- 提供图形化的bcl2fastq界面，可以拆分下机数据（demultiplex）。 详细说明请查阅illumina说明
- 提供CRISPResso2 的图形操作界面，可以批量分析HDR，PE，BE，NHEJ.
- 收集编辑数据，并汇总到excel表。
- 一键安装分析环境
If this work helps, please cite my work.
It is recommended that citing the script by a link (such as: NGS_Tools(https://doi.org/10.5281/zenodo.8243045)) or refer to this page Ways to cite a GitHub Repoto promote reproducibility of your work.
Bilibili-不会Linux也能自己用扩增子测序分析基因编辑效率
看完记得投币
本程序只能在Linux系统中运行，如果你使用Windows，也不是不能用，在Windows的Linux子系统里也能运行该程序，只不过要稍微配置一下。
或者下载Virtual Box，在虚拟机里安装Ubuntu等系统来运行该程序也行。
若使用Linux Subsystem for Windows(WSL)，请参阅该指南 进行配置，配置完成后继续查看在Linux系统运行 的相关内容。这个指南里有视频。
系统要求：
- 必须安装中文系统，英文系统可能会有字符乱码。若遇到字符乱码，请自行为系统添加中文字体
- 使用以下任一个发行版均可
Ubuntu Desktop
Cent OS
UOS （统一操作系统）
Deepin OS （深度操作系统）
配置要求：
bcl2fastq需要 内存 + swap分区至少32GB，推荐使用32GB以上内存
CPU建议8核心以上
- 无需安装，下载即可使用。
下载链接：
或者
- 下载后右键点击属性
- 在权限中勾选允许作为可执行程序,然后关闭窗口
- 右键点击程序，点击运行，或者直接双击运行
- 选择需要的功能
- 第一次使用务必安装分析环境
若未安装，此处会有提示，若已安装，会如图显示, 安装过程中会卡顿较长时间，前台无输出，请耐心等待
首先需要准备一台有Linux系统的电脑，推荐Ubuntu22.04。使用Windows的Linux子系统也可，但是需要有WSL2图形支持。WSL2的配置请参阅此处。
- 下载源码
# 下载
git clone https://github.com/Masterchiefm/NGS_Tools.git
＃ 进入下载的源码目录
cd NGS_Tools
- 安装依赖
pip install -r requirements.txt
- 运行
python3 ./NGS_Tools.py
根据以上操作，即可运行本程序的图形界面。图形界面操作按照图形提示即可。或者参考以下视频。
您也可以自由打包、分发，但是请注明来源。本随缘提供二进制文件。
请关注质控、分析窗口这两个参数!这两个参数对结果有显著影响。点击此处进行阅读
本程序的初衷是为了为本组提供方便快捷的数据分析支持，希望能够帮助到别人的同时得到认可。写程序不是随便敲敲键盘就能搞定的事情，一样要付出很多的精力。
祝大家科研顺利！