Update run pipeline readme

tutorials/user_manual/Run_pipeline/README.Rmd

@@ -30,7 +30,7 @@ En el lado derecho hay un panel desplegable `metadata` que describe los metadato
 
 ![](README_figures/tooltips_pipeline.png)
 
-Los `inputs` pueden definirse desde el `Pipeline Editor` o desde el `Pipeline Run`. Cuando se definen desde el `Pipeline Editor` se configuran como `variables constantes` por lo que no aparecerán en la interfaz `Pipeline Run`. Esto puede ser útil, por ejemplo, si el pipeline se ejecuta múltiples veces con una sola variable dinámica, como cuando solo cambia el nombre de una especie, pero el resto de parámetros son constantes entre especies. Cualquier entrada sin un valor constante asignado se considerará una entrada de pipeline y el usuario tendrá que completar el valor desde [Pipeline Run](id="ID_pipeline_run).
+Los `inputs` pueden definirse desde el `Pipeline Editor` o desde el `Pipeline Run`. Cuando se definen desde el `Pipeline Editor` se configuran como `variables constantes` por lo que no aparecerán en la interfaz `Pipeline Run`. Esto puede ser útil, por ejemplo, si el pipeline se ejecuta múltiples veces con una sola variable dinámica, como cuando solo cambia el nombre de una especie, pero el resto de parámetros son constantes entre especies. Cualquier entrada sin un valor constante asignado se considerará una entrada de pipeline y el usuario tendrá que completar el valor desde [Pipeline Run](#ID_pipeline_run).
 
 Para definir estos inputs desde el `Pipeline Editor`, basta con hacer doble clic sobre el punto conexo al argumento input. Esto generará un vínculo de conexión hacia donde se debe definir el input. Si se busca que sea una conexión con un `single script` de un paso previo, se debe hacer un solo clic y arrastrar la conexión generada hasta el output del paso previo.
 
@@ -58,9 +58,9 @@ Los pipelines guardados en la carpeta `~/pipelines` se visualizarán en la pesta
 ## Interfaz Pipeline run
 <a id="ID_pipeline_run"></a>
 
-La interfaz `Pipeline Run` permite ejecutar los pipelines que han sido previamente guardados. En esta interfaz, los pipelines guardados se pueden abrir desde el menú desplegable `Pipeline`. Una vez seleccionado un pipeline, en la sección `Input Form` se visualizan todos los argumentos que no se definieron como constantes en el [Pipeline Editor](id="ID_pipeline_editor).
+La interfaz `Pipeline Run` permite ejecutar los pipelines que han sido previamente guardados. En esta interfaz, los pipelines guardados se pueden abrir desde el menú desplegable `Pipeline`. Una vez seleccionado un pipeline, en la sección `Input Form` se visualizan todos los argumentos que no se definieron como constantes en el [Pipeline Editor](#ID_pipeline_editor).
 
-Cada argumento de entrada se muestra con su descripción, la cual es la misma que se visualizaba en los tooltips del [Pipeline Editor](id="ID_pipeline_editor). Esto proporciona una guía clara sobre qué valores deben ingresarse para cada parámetro.
+Cada argumento de entrada se muestra con su descripción, la cual es la misma que se visualizaba en los tooltips del [Pipeline Editor](#ID_pipeline_editor). Esto proporciona una guía clara sobre qué valores deben ingresarse para cada parámetro.
 
 Con todos los parámetros ajustados, el pipeline se ejecuta presionando el botón `Pipeline Run`. Esta acción iniciará el procesamiento del pipeline, ejecutando cada uno de los `single scripts` especificados con los valores de entrada proporcionados. Mientras se ejecuta cada paso, se visualizarán iconos de carga.
 

tutorials/user_manual/Run_pipeline/README.md

@@ -68,7 +68,7 @@ pipeline se ejecuta múltiples veces con una sola variable dinámica, como
 cuando solo cambia el nombre de una especie, pero el resto de parámetros
 son constantes entre especies. Cualquier entrada sin un valor constante
 asignado se considerará una entrada de pipeline y el usuario tendrá que
-completar el valor desde [Pipeline Run](id=%22ID_pipeline_run).
+completar el valor desde [Pipeline Run](#ID_pipeline_run).
 
 Para definir estos inputs desde el `Pipeline Editor`, basta con hacer
 doble clic sobre el punto conexo al argumento input. Esto generará un
@@ -124,12 +124,12 @@ previamente guardados. En esta interfaz, los pipelines guardados se
 pueden abrir desde el menú desplegable `Pipeline`. Una vez seleccionado
 un pipeline, en la sección `Input Form` se visualizan todos los
 argumentos que no se definieron como constantes en el [Pipeline
-Editor](id=%22ID_pipeline_editor).
+Editor](#ID_pipeline_editor).
 
 Cada argumento de entrada se muestra con su descripción, la cual es la
 misma que se visualizaba en los tooltips del [Pipeline
-Editor](id=%22ID_pipeline_editor). Esto proporciona una guía clara sobre
-qué valores deben ingresarse para cada parámetro.
+Editor](#ID_pipeline_editor). Esto proporciona una guía clara sobre qué
+valores deben ingresarse para cada parámetro.
 
 Con todos los parámetros ajustados, el pipeline se ejecuta presionando
 el botón `Pipeline Run`. Esta acción iniciará el procesamiento del