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vicjulrin committed Jul 17, 2024
1 parent 7006087 commit a81b552
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Showing 6 changed files with 36 additions and 6 deletions.
Binary file removed scripts/CamTrap_format2/.DS_Store
Binary file not shown.
7 changes: 5 additions & 2 deletions tutorials/backend_manual/Create_SimpleScript/README.Rmd
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -22,7 +22,10 @@ Los `Single Script` constan de dos componentes principales: un bloque de código
* Bloque de código - script : Contiene el código y las instrucciones de ejecución del algoritmo y análisis requerido.
* Archivo`YML`: Define la configuración de entradas y salidas de ese código, así como los parámetros necesarios para su ejecución. Este archivo actúa como un puente que permite a los usuarios configurar el código a través de una interfaz amigable, asegurando que los datos sean correctamente interpretados y utilizados por el código subyacente.

Estos componentes deben estar presentes en la carpeta `~/scripts` del repositorio para que se visualicen en Bon in a Box. Ambos archivos deben estar alojados en la misma carpeta para facilitar su lectura y conexión. Además, se recomienda que en esta carpeta conjunta se incluya una subcarpeta input con datos por defecto, lo cual facilitará su prueba y ejecución, sirviendo como guía para los usuarios.
Estos componentes deben estar presentes en la carpeta `~/scripts` del repositorio para que se visualicen en Bon in a Box. Ambos archivos deben estar alojados en la misma carpeta para facilitar su lectura y conexión. Además, se recomienda que en esta carpeta conjunta se incluya ademas una subcarpeta `input` con datos por defecto, lo cual facilitará su prueba y ejecución, sirviendo como guía para los usuarios.

![](README_figures/folderscript.png)



## Archivos `YML`
Expand Down Expand Up @@ -194,7 +197,7 @@ Como resultado, en el `outputFolder` se guardan todos los resultados y un archiv

![](README_figures/result_singlescript.png)

#### Probar y Validar el Script
### Probar y Validar el Script

Un script bien estructurado y documentado no debería generar errores. En general, los errores suelen surgir debido a problemas en los datos de entrada o a parámetros especificados incorrectamente por los usuarios. Los códigos deben estar preparados para manejar estos problemas e imprimir mensajes claros sobre la causa del error. Se recomienda incluir líneas de código de validación internas que prevengan estos errores.

Expand Down
11 changes: 7 additions & 4 deletions tutorials/backend_manual/Create_SimpleScript/README.md
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -36,7 +36,8 @@ basadas en el procesamiento realizado.
- [Establecer Entorno de Trabajo](#establecer-entorno-de-trabajo)
- [Ejecucion del código](#ejecucion-del-código)
- [Exportar resultados](#exportar-resultados)
- [Probar y Validar el Script](#probar-y-validar-el-script)
- [Probar y Validar el Script](#probar-y-validar-el-script)


## Componentes del script

Expand All @@ -55,10 +56,12 @@ código y un archivo en formato `YML` asociado.
Estos componentes deben estar presentes en la carpeta `~/scripts` del
repositorio para que se visualicen en Bon in a Box. Ambos archivos deben
estar alojados en la misma carpeta para facilitar su lectura y conexión.
Además, se recomienda que en esta carpeta conjunta se incluya una
subcarpeta input con datos por defecto, lo cual facilitará su prueba y
Además, se recomienda que en esta carpeta conjunta se incluya ademas una
subcarpeta `input` con datos por defecto, lo cual facilitará su prueba y
ejecución, sirviendo como guía para los usuarios.

![](README_figures/folderscript.png)

## Archivos `YML`

Los archivos `YML` son un formato de serialización de datos que se
Expand Down Expand Up @@ -356,7 +359,7 @@ una visión continua del estado de la ejecución.

![](README_figures/result_singlescript.png)

#### Probar y Validar el Script
### Probar y Validar el Script

Un script bien estructurado y documentado no debería generar errores. En
general, los errores suelen surgir debido a problemas en los datos de
Expand Down
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Binary file modified tutorials/install_ByB/README_figures/runnerenv.png
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Sorry, this file is invalid so it cannot be displayed.
24 changes: 24 additions & 0 deletions tutorials/load_files_server/README.Rmd
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1,24 @@
---
title: "Lanzar Bon in a Box"
author:
- name: "Rincon-Parra VJ"
email: "[email protected]"
affiliation: "Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt - IAvH"
output:
#md_document:
github_document:
md_extension: +gfm_auto_identifiers
preserve_yaml: true
toc: false
toc_depth: 6
---
Para utilizar la plataforma Bon in a Box en tu computadora, es necesario utilizar las herramientas [GitHub](https://docs.github.com/en/desktop/installing-and-authenticating-to-github-desktop/installing-github-desktop) y [Docker](https://www.docker.com/products/docker-desktop/). Si es la primera vez que utilizas la plataforma, por favor consulta el [tutorial de Instalación Bon in a Box](../install_ByB) que describe los requisitos y el paso a paso para instalación y lanzamiento por primera vez.

Para iniciar el servidor de Bon in a Box, asegúrate de tener Docker abierto y ejecuta el comando `./server-up.sh` desde una consola de código linux. Se recomienda abrir la consola de código desde GitHub Desktop para que se configure automáticamente con la dirección del repositorio. Para ejecutar el comando, simplemente escribe `./server-up.sh` en la consola y presiona Enter.

![](README_figures/launch_ByB.png)

La primera ejecución puede llevar más tiempo, ya que descargará los micro-servicios necesarios para lanzar el contenedor Docker. Las siguientes ejecuciones serán más rápidas o inmediatas, dependiendo de los cambios realizados. Este comando ejecutará todas las acciones definidas en el archivo server-up.sh, ubicado en el directorio clonado, iniciando así el servidor de Bon in a Box.

Una vez que el servidor esté en funcionamiento, simplemente escribe la dirección http://localhost/ en tu navegador para acceder a la plataforma Bon in a Box.
![](README_figures/localhostByB.png)

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