Merge pull request #1211 from ScilifelabDataCentre/develop

Deploying to Live

Dockerfiles/Dockerfile

@@ -1,7 +1,7 @@
 # Use alpine Linux, download desired version of HUGO and build html files
 FROM alpine:3.19.1 AS build
 RUN apk add --no-cache wget=1.21.4-r0
-ARG HUGO_VERSION="0.123.7"
+ARG HUGO_VERSION="0.139.3"
 ARG HUGO_ENV_ARG
 WORKDIR /src
 COPY ./ /src

content/english/dashboards/variants_region_uppsala.md

@@ -39,16 +39,16 @@ Use the buttons on the top left of each plot to focus either on data from the **
 </div>
 
 <div class="plot_wrapper mb-3">
-  <div class="table-responsive">{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/lineage_five_recent.json" height="800px" >}}</div>
+  <div class="table-responsive">{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/lineage_six_recent.json" height="800px" >}}</div>
 </div>
 
-**Code used to produce plots:** [Graph and data preparation script](https://github.com/ScilifelabDataCentre/pathogens-portal-visualisations/blob/main/ClinMicro/lineage_five_recent.py).
+**Code used to produce plots:** [Graph and data preparation script](https://github.com/ScilifelabDataCentre/pathogens-portal-visualisations/blob/main/ClinMicro/lineage-plotting-six.py).
 
 <div class="plot_wrapper mb-3">
   <div class="table-responsive">{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/lineage_four_recent.json" height="600px" >}}</div>
 </div>
 
-**Code used to produce plots:** [Graph and data preparation script](https://github.com/ScilifelabDataCentre/pathogens-portal-visualisations/blob/main/ClinMicro/lineage_four_recent.py).
+**Code used to produce plots:** [Graph and data preparation script](https://github.com/ScilifelabDataCentre/pathogens-portal-visualisations/blob/main/ClinMicro/lineage-plotting-four.py).
 
 ### All sequences with WHO label/Pango lineage)
 
@@ -64,7 +64,7 @@ Use the **’Deselect all lineages’ button** to clear data from all lineages f
   <div class="table-responsive">{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/lineage_one_wholetime.json" height="600px" >}}</div>
 </div>
 
-**Code used to produce plots:** [Graph and data preparation script](https://github.com/ScilifelabDataCentre/pathogens-portal-visualisations/blob/main/ClinMicro/lineage_one_plot.py).
+**Code used to produce plots:** [Graph and data preparation script](https://github.com/ScilifelabDataCentre/pathogens-portal-visualisations/blob/main/ClinMicro/lineage-plotting-one.py).
 
 ## Commentary from the research group
 

content/svenska/dashboards/variants_region_uppsala.md

@@ -39,16 +39,16 @@ Använd knapparna längst upp till vänster i respektive diagram för att endast
 </div>
 
 <div class="plot_wrapper mb-3">
-  <div class="table-responsive">{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/lineage_five_recent.json" height="800px" >}}</div>
+  <div class="table-responsive">{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/lineage_six_recent.json" height="800px" >}}</div>
 </div>
 
-**Källkod som används för att skapa grafen:** [Källkod som används för att skapa grafen](https://github.com/ScilifelabDataCentre/pathogens-portal-visualisations/blob/main/ClinMicro/lineage_five_recent.py).
+**Källkod som används för att skapa grafen:** [Källkod som används för att skapa grafen](https://github.com/ScilifelabDataCentre/pathogens-portal-visualisations/blob/main/ClinMicro/lineage-plotting-six.py).
 
 <div class="plot_wrapper mb-3">
   <div class="table-responsive">{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/lineage_four_recent.json" height="600px" >}}</div>
 </div>
 
-**Källkod som används för att skapa grafen:** [Källkod som används för att skapa grafen](https://github.com/ScilifelabDataCentre/pathogens-portal-visualisations/blob/main/ClinMicro/lineage_four_recent.py).
+**Källkod som används för att skapa grafen:** [Källkod som används för att skapa grafen](https://github.com/ScilifelabDataCentre/pathogens-portal-visualisations/blob/main/ClinMicro/lineage-plotting-four.py).
 
 ### Alla sekvenser med WHO-märkning/Pangolinje)
 
@@ -64,7 +64,7 @@ Använd knappen **'Deselect all lineages'** för att rensa bort data från alla
   <div class="table-responsive">{{< plotly json="https://blobserver.dc.scilifelab.se/blob/lineage_one_wholetime.json" height="600px" >}}</div>
 </div>
 
-**Källkod som används för att skapa grafen:** [Källkod som används för att skapa grafen](https://github.com/ScilifelabDataCentre/pathogens-portal-visualisations/blob/main/ClinMicro/lineage_one_plot.py).
+**Källkod som används för att skapa grafen:** [Källkod som används för att skapa grafen](https://github.com/ScilifelabDataCentre/pathogens-portal-visualisations/blob/main/ClinMicro/lineage-plotting-one.py).
 
 ## Kommentarer från forskargruppen