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MEPTS-191: Implement ficha resumo mensal us (#102)
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* Implement 'Nº cumulativo de pacientes registados até o fim do mês anterior' indicator

* Implement 'Nº de pacientes registados durante o mês' indicator

* Implement 'Nº mensal de novos inscritos' indicator

* Implement 'Nº mensal de transferidos de outras US' indicator

* Add base cohort

* Implement 'Nº cumulativo de transferidos para outras US' indicator

* Implement 'Nº cumulativo de abandonos pre-tarv' indicator

* Rename getPatientsTransferredFromOtherHealthFacility and extract method getPatientsInProgramWithStateByEndOfPeriod

* Implement 'Nº cumulativo de óbitos pre-tarv' indicator

* Implement 'Nº cumulativo que iniciaram TARV' indicator

* Refactor newlyEnrolled, extract parameter for pre TARV book cohort

* Implement 'Nº dos novos inscritos mensais no Livro de Registo Nº 1 de Pré-TARV rastreados para TB' indicator

* Update template for 'Nº dos novos inscritos mensais no Livro de Registo Nº 1 de Pré-TARV rastreados para TB' indicator

* Refactor getInPreArtWhoScreenedForTb, extract method and extract parameter for screening cohort

* Implement 'Nº dos novos inscritos mensais no Livro de Registo Nº 1 de Pré-TARV rastreados para ITS' indicator

* Refactor getInPreArtBook1WhoScreenedFor, make parameter more generic

* Implement 'Nº dos novos inscritos mensais no Livro de Registo Nº 1 de Pré-TARV que iniciaram TPC durante o mês' indicator

* Implement 'Nº dos novos inscritos mensais no Livro de Registo Nº 1 de Pré-TARV que iniciaram TPC durante o mês' indicator

* Implement 'Nº cumulativo de pacientes registados até o fim do mês anterior TARV' indicator

* Implement 'Nº de pacientes registados durante o mês TARV' indicator

* Refactor getNewlyEnrolled, extract parameter for transferredFrom cohort

* Implement 'Nº mensal de novos inícios tarv' indicator

* Refactor getEnrolledByTransfer

* Implement 'Nº mensal de transferidos de outras US tarv' indicator

* Implement 'Nº cumulativo de suspensos tarv' indicator

* Implement 'Nº cumulativo de transferidos para outras US tarv' indicator

* Implement 'Nº cumulativo de óbitos tarv' indicator

* Refactor getInPreArtBook1And

* Implement 'Nº dos novos inícios mensais  no Livro de Registo Nº 1 de TARV rastreados para TB' indicator

* Implement 'Nº dos novos inícios mensais  no Livro de Registo Nº 1 de TARV rastreados para ITS' indicator

* Implement 'Nº dos novos inícios mensais no Livro de Registo Nº 1 de TARV que  iniciaram CTZ durante o mês' indicator

* Implement 'Nº dos novos inícios mensais no Livro de Registo Nº 1 de TARV que  iniciaram INH durante o mês' indicator

* Update template

* Implement 'Nº cumulativo de abandonos tarv' indicator

* Update terminology

* Use generic cohort query

* Use existing age dimension

* Clean up method names and add integration tests

* Test getRegisteredInArtBooks

* Test getNewlyEnrolledInArt

* Test getInArtCareEnrolledByTransfer

* Test getInArtEnrolledByTransfer

* Test getRegisteredInPreArtOrArtBooks

* Test getInPreArtWhoScreenedForTb

* Test abandoned getAbandonedArt

* Test getInPreArtWhoScreenedForSti

* Format

* Create data set for location properties

* Test LocationDataSetDefinition

* Change report name

* Implement first indicator

* Implement second indicator

* Implement third indicator

* Implement Nº mensal de novos inscritos

* Implement Nº mensal de transferidos de outras US

* Implement Nº cumulativo de transferidos para outras US

* Implement Nº cumulativo de abandonos pre-tarv

* Implement Nº cumulativo de óbitos pre-tarv

* Implement Nº cumulativo que iniciaram TARV

* Implement Nº dos novos inscritos mensais no Livro de Registo Nº 1 de Pré-TARV rastreados para TB

* Implement Nº dos novos inscritos mensais no Livro de Registo Nº 1 de Pré-TARV rastreados para ITS

* Implement Nº dos novos inscritos mensais no Livro de Registo Nº 1 de Pré-TARV que iniciaram TPC durante o mês

*  Nº dos novos inscritos mensais no  Livro de Registo Nº 1 de Pré-TARV que iniciaram TPI durante o mês

* Implement Nº cumulativo de pacientes registados até o fim do mês anterior TARV

* Implement Nº de pacientes registados durante o mês TARV

* Implement Nº cumulativo de pacientes registados nos Livros de Registo de TARV até o fim do mês

* Implement Nº mensal de novos inícios tarv

* Implement Nº mensal de transferidos de outras US tarv

* Implement Nº cumulativo de suspensos tarv

* Implement Nº mensal de transferidos de outras US tarv

* Implement Nº cumulativo de óbitos tarv

* Implement Currently in treatment From the beginning that MISAU start TARV services (retira abandonos notificados e nao notificados em 60 dias)

* Implement Nº dos novos inícios mensais  no Livro de Registo Nº 1 de TARV rastreados para TB

* Implement Nº dos novos inícios mensais  no Livro de Registo Nº 1 de TARV rastreados para ITS

* Nº dos novos inícios mensais no Livro de Registo Nº 1 de TARV que  iniciaram CTZ durante o mês

* Implement Nº dos novos inícios mensais no Livro de Registo Nº 1 de TARV que  iniciaram CTZ durante o mês

* Implement GAAC indicators

* Implement Nº cumulativo de abandonos tarv

* Clean up class and unit tests

* Implement getEverOnART cohort

* Fix unit tests

Delete old excel template

* Refactor

* Fix dimension mapping

* Use old base cohort

* Fix abandonment query

* Better names for mappings

* Remove unused methods

* Use new base cohort

* Fix formatting
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ynurmahomed authored and ningosi committed Jun 24, 2019
1 parent f5a5afa commit 683bea8
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Showing 19 changed files with 4,138 additions and 363 deletions.
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -35,6 +35,7 @@ public Concept getNoConcept() {
return getConcept(uuid);
}

// concept_id=1256
public Concept getStartDrugsConcept() {
String uuid =
Context.getAdministrationService().getGlobalProperty("eptsreports.startDrugsConceptUuid");
Expand All @@ -48,6 +49,14 @@ public Concept getTransferFromOtherFacilityConcept() {
return getConcept(uuid);
}

public Concept getTransferOutToAnotherFacilityConcept() {
String uuid =
Context.getAdministrationService()
.getGlobalProperty("eptsreports.transferOutToAnotherFacilityConceptUuid");
return getConcept(uuid);
}

// concept_id=1190
public Concept getHistoricalDrugStartDateConcept() {
String uuid =
Context.getAdministrationService()
Expand Down Expand Up @@ -184,4 +193,27 @@ public Concept getChronicMalnutritionConcept() {
Context.getAdministrationService()
.getGlobalProperty("eptsreports.chronicMalnutritionConceptUuid"));
}

// concept_id=5599
public Concept getStiScreeningConcept() {
String uuid =
Context.getAdministrationService().getGlobalProperty("eptsreports.stiScreeningConceptUuid");
return getConcept(uuid);
}

// concept_id=6126
public Concept getCotrimoxazoleProphylaxisStartDateConcept() {
String uuid =
Context.getAdministrationService()
.getGlobalProperty("eptsreports.cotrimoxazoleProphylaxisStartDateConceptUuid");
return getConcept(uuid);
}

// concept_id=6128
public Concept getIsoniazidProphylaxisStartDateConcept() {
String uuid =
Context.getAdministrationService()
.getGlobalProperty("eptsreports.isoniazidProphylaxisStartDateConceptUuid");
return getConcept(uuid);
}
}
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