(#5): data/oie-cmn-a.tm.hxl.csv started; data/oie-cmn-b.tm.hxl.csv dr…

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fititnt · Sep 4, 2022 · 02074c3 · 02074c3
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diff --git a/.github/workflows/main.yml b/.github/workflows/main.yml
@@ -145,11 +145,16 @@ jobs:
         with:
           python-version: "3.9"
           cache: "pip"
+
       # - run: pip install libhxl hxltm-eticaai openpyxl frictionless csvkit
       # - run: pip install -r .github/requirements.txt
-      - run: pip install -r .github/requirements.txt
+      - run: python -m pip install -r .github/requirements.txt
         continue-on-error: true
 
+      # # No idea why later the module is not found
+      # - run: pip install python-liquid python-liquid-extra
+      #   continue-on-error: true
+
       - run: pip list
         continue-on-error: true
 
@@ -178,9 +183,14 @@ jobs:
       # - run: hxltmcli --version
       #   continue-on-error: true
 
+      # comments on error here
+      # - https://github.com/orgs/community/discussions/26329#discussioncomment-3251492
       - run: ./scripts/readme-from-csv.py --help
         continue-on-error: true
 
+      - run: python ./scripts/readme-from-csv.py --help
+        continue-on-error: true
+
       - run: frictionless validate datapackage.json
         continue-on-error: true
 

diff --git a/.gitignore b/.gitignore
@@ -12,6 +12,7 @@ node_modules
 package.json
 yarn.lock
 temp/
+.~lock*
 
 
 # https://github.com/EticaAI/lexicographi-sine-finibus is cloned here

diff --git a/data/github-topics.hxl.csv b/data/github-topics.hxl.csv
@@ -1,4 +1,5 @@
 #item+group,#item+github_topic,#item+url
+1,animal-health-surveillance,https://github.com/topics/animal-health-surveillance
 1,disease-mapping,https://github.com/topics/disease-mapping
 1,epidemic-simulations,https://github.com/topics/epidemic-simulations
 1,spatial-epidemiology,https://github.com/topics/spatial-epidemiology

diff --git a/data/oie-cmn-a.tm.hxl.csv b/data/oie-cmn-a.tm.hxl.csv
@@ -0,0 +1,16 @@
+#item+conceptum+codicem,#item+rem+i_qcc+is_zxxx+ix_wikiq,#item+rem+i_eng+is_latn+ix_wdatap1448,#item+rem+i_fra+is_latn+ix_wdatap1448,#item+rem+i_spa+is_latn+ix_wdatap1448
+1,Q152401,Foot and mouth disease,Fièvre aphteuse,Fiebre aftosa
+2,Q662016,Swine vesicular disease,Maladie vésiculeuse du porc,Enfermedad vesicular porcina
+3,Q29004637,Peste des petits ruminants,Peste des petits ruminants,Peste de pequeños rumiantes
+4,Q526340,Lumpy skin disease,Dermatose nodulaire contagieuse,Dermatosis nodular contagiosa
+5,Q162262,Bluetongue,Fièvre catarrhale du mouton,Lengua azul
+6,Q386408,African horse sickness,Peste équine,Peste equina
+7,Q683770,Classical swine fever,Peste porcine classique,Peste porcina clásica
+8,Q327082,Newcastle disease,Maladie de Newcastle,Enfermedad de Newcastle
+9,Q162762,Vesicular stomatitis,Stomatite vésiculeuse,Estomatitis vesicular
+10,Q157008,Rinderpest,Peste bovine,Peste bovina
+11,Q574005,Contagious bovine pleuropneumonia,Péripneumonie contagieuse bovine,Perineumonía contagiosa bovina
+12,Q326638,Rift Valley fever,Fièvre de la Vallée du Rift,Fiebre del Valle del Rift
+13,Q7480670|Q7915925,Sheep pox and goat pox,Clavelée et variole caprine,Viruela ovina y viruela caprina
+14,Q195760,African swine fever,Peste porcine africaine,Peste porcina africana
+15,Q43987,Highly pathogenic avian influenza,Influenza aviaire hautement pathogène,Influenza aviar altamente patógena
diff --git a/data/oie-cmn-b.tm.hxl.csv b/data/oie-cmn-b.tm.hxl.csv
@@ -0,0 +1,94 @@
+#item+conceptum+codicem,#item+rem+i_qcc+is_zxxx+ix_wikiq,#item+rem+i_eng+is_latn+ix_wdatap2308,#item+rem+i_fra+is_latn+ix_wdatap2308,#item+rem+i_spa+is_latn+ix_wdatap2308,#item+rem+i_eng+is_latn+ix_wdatap1448,#item+rem+i_fra+is_latn+ix_wdatap1448,#item+rem+i_spa+is_latn+ix_wdatap1448
+1,,Multiple species diseases,Maladies communes à plusieurs espèces,Enfermedades comunes a varias especies,Anthrax,Cowdriose,Carbunco bacteridiano
+2,,Multiple species diseases,Maladies communes à plusieurs espèces,Enfermedades comunes a varias especies,Aujeszky’s disease,Echinococcose/hydatidose,Cowdriosis
+3,,Multiple species diseases,Maladies communes à plusieurs espèces,Enfermedades comunes a varias especies,Echinococcosis/hydatidosis,Fièvre charbonneuse,Enfermedad de Aujeszky
+4,,Multiple species diseases,Maladies communes à plusieurs espèces,Enfermedades comunes a varias especies,Heartwater,Fièvre Q,Equinococosis/hidatidosis
+5,,Multiple species diseases,Maladies communes à plusieurs espèces,Enfermedades comunes a varias especies,Leptospirosis,Leptospirose,Fiebre Q
+6,,Multiple species diseases,Maladies communes à plusieurs espèces,Enfermedades comunes a varias especies,New world screwworm (Cochliomyia hominivorax),Maladie d’Aujeszky,Leptospirosis
+7,,Multiple species diseases,Maladies communes à plusieurs espèces,Enfermedades comunes a varias especies,Old world screwworm (Chrysomya bezziana),Myiase à Chrysomya bezziana,Miasis por Chrysomya bezziana
+8,,Multiple species diseases,Maladies communes à plusieurs espèces,Enfermedades comunes a varias especies,Paratuberculosis,Myiase à Cochliomyia hominivorax,Miasis por Cochliomyia hominivorax
+9,,Multiple species diseases,Maladies communes à plusieurs espèces,Enfermedades comunes a varias especies,Q fever,Paratuberculose,Paratuberculosis
+10,Q39222,Multiple species diseases,Maladies communes à plusieurs espèces,Enfermedades comunes a varias especies,Rabies,Rage,Rabia
+11,,Multiple species diseases,Maladies communes à plusieurs espèces,Enfermedades comunes a varias especies,Trichinellosis,Trichinellose,Triquinelosis
+12,,Cattle diseases,Maladies des bovins,Enfermedades de los bovinos,Bovine anaplasmosis,Anaplasmose bovine,Anaplasmosis bovina
+13,,Cattle diseases,Maladies des bovins,Enfermedades de los bovinos,Bovine babesiosis,Babésiose bovine,Babesiosis bovina
+14,,Cattle diseases,Maladies des bovins,Enfermedades de los bovinos,Bovine brucellosis,Brucellose bovine,Brucelosis bovina
+15,,Cattle diseases,Maladies des bovins,Enfermedades de los bovinos,Bovine cysticercosis,Campylobactériose génitale bovine,Campilobacteriosis genital bovina
+16,,Cattle diseases,Maladies des bovins,Enfermedades de los bovinos,Bovine genital campylobacteriosis,Coryza gangreneux,Cisticercosis bovina
+17,,Cattle diseases,Maladies des bovins,Enfermedades de los bovinos,Bovine spongiform encephalopathy,Cysticercose bovine,Dermatofilosis
+18,,Cattle diseases,Maladies des bovins,Enfermedades de los bovinos,Bovine tuberculosis,Dermatophilose,Encefalopatía espongiforme bovina
+19,,Cattle diseases,Maladies des bovins,Enfermedades de los bovinos,Dermatophilosis,Encéphalopathie spongiforme bovine,Fiebre catarral maligna
+20,,Cattle diseases,Maladies des bovins,Enfermedades de los bovinos,Enzootic bovine leukosis,Leucose bovine enzootique,Leucosis bovina enzoótica
+21,,Cattle diseases,Maladies des bovins,Enfermedades de los bovinos,Haemorrhagic septicaemia,Rhinotrachéite infectieuse bovine/vulvovaginite pustuleuse infectieuse,Rinotraqueítis infecciosa bovina/vulvovaginitis pustular infecciosa
+22,,Cattle diseases,Maladies des bovins,Enfermedades de los bovinos,Infectious bovine rhinotracheitis/infectious pustular vulvovaginitis,Septicémie hémorragique,Septicemia hemorrágica
+23,,Cattle diseases,Maladies des bovins,Enfermedades de los bovinos,Malignant catarrhal fever,Theilériose,Teileriosis
+24,,Cattle diseases,Maladies des bovins,Enfermedades de los bovinos,Theileriosis,Trichomonose,Tricomonosis
+25,,Cattle diseases,Maladies des bovins,Enfermedades de los bovinos,Trichomonosis,Trypanosomose (transmise par tsé-tsé),Tripanosomosis (transmitida por tsetsé)
+26,,Cattle diseases,Maladies des bovins,Enfermedades de los bovinos,Trypanosomosis (tsetse-transmitted),Tuberculose bovine,Tuberculosis bovina
+27,,Sheep and goat diseases,Maladies des ovins et des caprins,Enfermedades des los ovinos y caprinos,Caprine and ovine brucellosis (excluding B. ovis),Adénomatose pulmonaire ovine,Aborto enzoótico de las ovejas (clamidiosis ovina)
+28,,Sheep and goat diseases,Maladies des ovins et des caprins,Enfermedades des los ovinos y caprinos,Caprine arthritis/encephalitis,Agalaxie contagieuse,Adenomatosis pulmonar ovina
+29,,Sheep and goat diseases,Maladies des ovins et des caprins,Enfermedades des los ovinos y caprinos,Contagious agalactia,Arthrite/encéphalite caprine,Agalaxia contagiosa
+30,,Sheep and goat diseases,Maladies des ovins et des caprins,Enfermedades des los ovinos y caprinos,Contagious caprine pleuropneumonia,Avortement enzootique des brebis (chlamydiose ovine),Artritis/encefalitis caprina
+31,,Sheep and goat diseases,Maladies des ovins et des caprins,Enfermedades des los ovinos y caprinos,Enzootic abortion of ewes (ovine chlamydiosis),Brucellose caprine et ovine (non due à B. ovis),Brucelosis caprina y ovina (no debida a B. ovis)
+32,,Sheep and goat diseases,Maladies des ovins et des caprins,Enfermedades des los ovinos y caprinos,Maedi-visna,Epididymite ovine (Brucella ovis),Enfermedad de Nairobi
+33,,Sheep and goat diseases,Maladies des ovins et des caprins,Enfermedades des los ovinos y caprinos,Nairobi sheep disease,Maedi-visna,Epididimitis ovina (Brucella ovis)
+34,,Sheep and goat diseases,Maladies des ovins et des caprins,Enfermedades des los ovinos y caprinos,Ovine epididymitis (Brucella ovis),Maladie de Nairobi,Maedi-visna
+35,,Sheep and goat diseases,Maladies des ovins et des caprins,Enfermedades des los ovinos y caprinos,Ovine pulmonary adenomatosis,Pleuropneumonie contagieuse caprine,Pleuroneumonía contagiosa caprina
+36,,Sheep and goat diseases,Maladies des ovins et des caprins,Enfermedades des los ovinos y caprinos,Salmonellosis (S. abortusovis),Salmonellose (S. abortusovis),Prurigo lumbar
+37,,Sheep and goat diseases,Maladies des ovins et des caprins,Enfermedades des los ovinos y caprinos,Scrapie,Tremblante,Salmonelosis (S. abortusovis)
+38,,Equine diseases,Maladies des équidés,Enfermedades de los équidos,Contagious equine metritis,Anémie infectieuse des équidés,Anemia infecciosa equina
+39,,Equine diseases,Maladies des équidés,Enfermedades de los équidos,Dourine,Artérite virale équine,Arteritis viral equina
+40,,Equine diseases,Maladies des équidés,Enfermedades de los équidos,Epizootic lymphangitis,Dourine,Durina
+41,,Equine diseases,Maladies des équidés,Enfermedades de los équidos,Equine encephalomyelitis (Eastern and Western),Encéphalite japonaise,Encefalitis japonesa
+42,,Equine diseases,Maladies des équidés,Enfermedades de los équidos,Equine infectious anaemia,Encéphalomyélite équine de l’Est ou de l’Ouest,Encefalomielitis equina del Este o del Oeste
+43,,Equine diseases,Maladies des équidés,Enfermedades de los équidos,Equine influenza,Encéphalomyélite équine vénézuélienne,Encefalomielitis equina venezolana
+44,,Equine diseases,Maladies des équidés,Enfermedades de los équidos,Equine piroplasmosis,Gale des équidés,Gripe equina
+45,,Equine diseases,Maladies des équidés,Enfermedades de los équidos,Equine rhinopneumonitis,Grippe équine,Linfangitis epizoótica
+46,,Equine diseases,Maladies des équidés,Enfermedades de los équidos,Equine viral arteritis,Lymphangite épizootique,Metritis contagiosa equina
+47,,Equine diseases,Maladies des équidés,Enfermedades de los équidos,Glanders,Métrite contagieuse équine,Muermo
+48,,Equine diseases,Maladies des équidés,Enfermedades de los équidos,Horse mange,Morve,Piroplasmosis equina
+49,,Equine diseases,Maladies des équidés,Enfermedades de los équidos,Horse pox,Piroplasmose équine,Rinoneumonía equina
+50,,Equine diseases,Maladies des équidés,Enfermedades de los équidos,Japanese encephalitis,Rhinopneumonie équine,Sarna equina
+51,,Equine diseases,Maladies des équidés,Enfermedades de los équidos,Surra (Trypanosoma evansi),Surra (Trypanosoma evansi),Surra (Trypanosoma evansi)
+52,,Equine diseases,Maladies des équidés,Enfermedades de los équidos,Venezuelan equine encephalomyelitis,Variole équine,Viruela equina
+53,,Swine diseases,Maladies des suidés,Enfermedades de los suidos,Atrophic rhinitis of swine,Brucellose porcine,Brucelosis porcina
+54,,Swine diseases,Maladies des suidés,Enfermedades de los suidos,Enterovirus encephalomyelitis,Cysticercose porcine,Cisticercosis porcina
+55,,Swine diseases,Maladies des suidés,Enfermedades de los suidos,Porcine brucellosis,Encéphalomyélite à entérovirus,Encefalomielitis por enterovirus
+56,,Swine diseases,Maladies des suidés,Enfermedades de los suidos,Porcine cysticercosis,Gastro-entérite transmissible,Gastroenteritis transmisible
+57,,Swine diseases,Maladies des suidés,Enfermedades de los suidos,Porcine reproductive and respiratory syndrome,Rhinite atrophique du porc,Rinitis atrófica del cerdo
+58,,Swine diseases,Maladies des suidés,Enfermedades de los suidos,Transmissible gastroenteritis,Syndrome dysgénésique et respiratoire du porc,Síndrome disgenésico y respiratorio porcino
+59,,Avian diseases,Maladies des oiseaux,Enfermedades de las aves,Avian chlamydiosis,Bronchite infectieuse aviaire,Bronquitis infecciosa aviar
+60,,Avian diseases,Maladies des oiseaux,Enfermedades de las aves,Avian infectious bronchitis,Bursite infectieuse (Maladie de Gumboro),Bursitis infecciosa (Enfermedad de Gumboro)
+61,,Avian diseases,Maladies des oiseaux,Enfermedades de las aves,Avian infectious laryngotracheitis,Chlamydiose aviaire,Clamidiosis aviar
+62,,Avian diseases,Maladies des oiseaux,Enfermedades de las aves,Avian mycoplasmosis (M. gallisepticum),Choléra aviaire,Cólera aviar
+63,,Avian diseases,Maladies des oiseaux,Enfermedades de las aves,Avian tuberculosis,Entérite virale du canard,Enfermedad de Marek
+64,,Avian diseases,Maladies des oiseaux,Enfermedades de las aves,Duck virus enteritis,Hépatite virale du canard,Enteritis viral del pato
+65,,Avian diseases,Maladies des oiseaux,Enfermedades de las aves,Duck virus hepatitis,Laryngotrachéite infectieuse aviaire,Hepatitis viral del pato
+66,,Avian diseases,Maladies des oiseaux,Enfermedades de las aves,Fowl cholera,Maladie de Marek,Laringotraqueítis infecciosa aviar
+67,,Avian diseases,Maladies des oiseaux,Enfermedades de las aves,Fowl pox,Mycoplasmose aviaire (M. gallisepticum),Micoplasmosis aviar (M. gallisepticum)
+68,,Avian diseases,Maladies des oiseaux,Enfermedades de las aves,Fowl typhoid,Pullorose,Pulorosis
+69,,Avian diseases,Maladies des oiseaux,Enfermedades de las aves,Infectious bursal disease (Gumboro disease),Tuberculose aviaire,Tifosis aviar
+70,,Avian diseases,Maladies des oiseaux,Enfermedades de las aves,Marek’s disease,Typhose aviaire,Tuberculosis aviar
+71,,Avian diseases,Maladies des oiseaux,Enfermedades de las aves,Pullorum disease,Variole aviaire,Viruela aviar
+72,,Lagomorph diseases,Maladies des lagomorphes,Enfermedades de los lagomorfos,Myxomatosis,Maladie hémorragique du lapin,Enfermedad hemorrágica del conejo
+73,,Lagomorph diseases,Maladies des lagomorphes,Enfermedades de los lagomorfos,Rabbit haemorrhagic disease,Myxomatose,Mixomatosis
+74,,Lagomorph diseases,Maladies des lagomorphes,Enfermedades de los lagomorfos,Tularemia,Tularémie,Tularemia
+75,,Bee diseases,Maladies des abeilles,Enfermedades de las abejas,Acariosis of bees,Acariose des abeilles,Acariosis de las abejas
+76,,Bee diseases,Maladies des abeilles,Enfermedades de las abejas,American foulbrood,Loque américaine,Loque americana
+77,,Bee diseases,Maladies des abeilles,Enfermedades de las abejas,European foulbrood,Loque européenne,Loque europea
+78,,Bee diseases,Maladies des abeilles,Enfermedades de las abejas,Nosemosis of bees,Nosémose des abeilles,Nosemosis de las abejas
+79,Q48564,Bee diseases,Maladies des abeilles,Enfermedades de las abejas,Varroosis,Varroose,Varroosis
+80,,Fish diseases,Maladies des poissons,Enfermedades de los peces,Epizootic haematopoietic necrosis,Herpèsvirose du saumon masou,Herpesvirosis del salmón masou
+81,,Fish diseases,Maladies des poissons,Enfermedades de los peces,Infectious haematopoietic necrosis,Nécrose hématopoïétique épizootique,Necrosis hematopoyética epizoótica
+82,,Fish diseases,Maladies des poissons,Enfermedades de los peces,Oncorhynchus masou virus disease,Nécrose hématopoïétique infectieuse,Necrosis hematopoyética infecciosa
+83,,Fish diseases,Maladies des poissons,Enfermedades de los peces,Spring viraemia of carp,Septicémie hémorragique virale,Septicemia hemorrágica viral
+84,,Fish diseases,Maladies des poissons,Enfermedades de los peces,Viral haemorrhagic septicaemia,Virémie printanière de la carpe,Viremia primaveral de la carpa
+85,,Mollusc diseases,Maladies des mollusques,Enfermedades de los moluscos,"Bonamiosis (Bonamia exitiosus, B. ostreae, Mikrocytos roughleyi)","Bonamiose (Bonamia exitiosus, B. ostreae, Mikrocytos roughleyi)","Bonamiosis (Bonamia exitiosus, B. ostreae, Mikrocytos roughleyi)"
+86,,Mollusc diseases,Maladies des mollusques,Enfermedades de los moluscos,"Marteiliosis (Marteilia refringens, M. sydneyi)",Maladie MSX (Haplosporidium nelsoni),Enfermedad de MSX (Haplosporidium nelsoni)
+87,,Mollusc diseases,Maladies des mollusques,Enfermedades de los moluscos,Mikrocytosis (Mikrocytos mackini),"Marteiliose (Marteilia refringens, M. sydneyi)","Marteiliosis (Marteilia refringens, M. sydneyi)"
+88,,Mollusc diseases,Maladies des mollusques,Enfermedades de los moluscos,MSX disease (Haplosporidium nelsoni),Mikrocytose (Mikrocytos mackini),Microcitosis (Mikrocytos mackini)
+89,,Mollusc diseases,Maladies des mollusques,Enfermedades de los moluscos,"Perkinsosis (Perkinsus marinus, P. olseni/atlanticus)","Perkinsose (Perkinsus marinus, P. olseni/atlanticus)","Perkinsosis (Perkinsus marinus, P. olseni/atlanticus)"
+90,,Crustacean diseases,Maladies des crustacés,Enfermedades de crustáceos,Taura syndrome,Maladie de la tête jaune,Enfermedad de la cabeza amarilla
+91,,Crustacean diseases,Maladies des crustacés,Enfermedades de crustáceos,White spot disease,Maladie des points blancs,Enfermedad de las manchas blancas
+92,,Crustacean diseases,Maladies des crustacés,Enfermedades de crustáceos,Yellowhead disease,Syndrome de Taura,Síndrome de Taura
+93,Q331283,Other List B diseases,Autres maladies de la liste B,Otras enfermedades de la Lista B,Leishmaniosis,Leishmaniose,Leishmaniosis
diff --git a/data/who-icd-crosswalk.tm.hxl.csv b/data/who-icd-crosswalk.tm.hxl.csv
@@ -1,11 +1,11 @@
-#item+conceptum+codicem,#item+rem+i_qcc+is_zxxx+ix_wikiq,#item+rem+i_qcc+is_zxxx+ix_wdatap493,#item+rem+i_qcc+is_zxxx+ix_wdatap494,#item+rem+i_qcc+is_zxxx+ix_wdatap7329,#item+rem+i_qcc+is_zxxx+ix_wdatap7807
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-Original file line number
+Diff line change
@@ Expand Up / @@ -12,6 +12,7 @@ node_modules @@
     package.json
     yarn.lock
     temp/
+    .~lock*
     # https://github.com/EticaAI/lexicographi-sine-finibus is cloned here
@@ Expand Down @@