Code

UKRにおいてデータの重要度を考慮#147

Code

Draft

ae14watanabe wants to merge 118 commits intomasterfurukawa-laboratory/somf:masterfrom 145_add_weight_in_ukrfurukawa-laboratory/somf:145_add_weight_in_ukrCopy head branch name to clipboard

+601-85

Commits

Commits on Apr 15, 2020

• First commit

  ae14watanabe

  committed
  71f502b

  Copy full SHA for 71f502b

• 既存のメソッド名をrefactor

  ae14watanabe

  committed
  b5c6af6

  Copy full SHA for b5c6af6

• visualizeメソッドとして作成中。変数の初期化など。

  ae14watanabe

  committed
  261abd2

  Copy full SHA for 261abd2

• お試しのためにtutorial codeを作る。とりあえずSOMの動物コードを引っ張って来る

  ae14watanabe

  committed
  f3a85b2

  Copy full SHA for f3a85b2

• チュートリアルを実行できる形まで書く

  ae14watanabe

  committed
  e381b62

  Copy full SHA for e381b62

• 潜在空間上における潜在変数の描画を実行できるところまでvisualizeメソッドをコーディング

  ae14watanabe

  committed
  ce27717

  Copy full SHA for ce27717

Commits on Apr 17, 2020

• 代表点の定義、tsom2_viwerの__on_click_figをコピーしてコメントアウト

  ae14watanabe

  committed
  b0239d9

  Copy full SHA for b0239d9

Commits on Apr 19, 2020

• 代表点からその写像先を計算し変数に格納andクリックされた座標にもっとも近い代表点を計算

  ae14watanabe

  committed
  086f02d

  Copy full SHA for 086f02d

• axに表示するmethodを見よう見まねで作成

  ae14watanabe

  committed
  31a928b

  Copy full SHA for 31a928b

• カチカチするとバーが表示されるところまで作成

  ae14watanabe

  committed
  d5f278c

  Copy full SHA for d5f278c

Commits on Apr 20, 2020

• tutorialで動物と特徴のラベルも与えて描画するように変更

  ae14watanabe

  committed
  223ca57

  Copy full SHA for 223ca57

• 特徴量のラベルをバーの横軸のラベルに表示するように変更

  ae14watanabe

  committed
  5f3eb9c

  Copy full SHA for 5f3eb9c

• クリックしたポイントの描画とラベル表示の乱数の追加

  ae14watanabe

  committed
  7f7a573

  Copy full SHA for 7f7a573

• まだクリックしていない初期状態の表示を設定

  ae14watanabe

  committed
  f033001

  Copy full SHA for f033001

• barのどれかを指定した時にどのバーを指定したのか特定する機能を追加

  ae14watanabe

  committed
  ee8e4f9

  Copy full SHA for ee8e4f9

• selectされた次元に合わせて潜在空間上でpcolormeshするように試作 and refactor

  ae14watanabe

  committed
  06b8efd

  Copy full SHA for 06b8efd

• bagをfixしてとりあえずpcolormeshが表示できるまで作成

  ae14watanabe

  committed
  3b4ba56

  Copy full SHA for 3b4ba56

Commits on Apr 21, 2020

• contourも表示するように変更and変数のrefactor

  ae14watanabe

  committed
  8578df5

  Copy full SHA for 8578df5

• refactorに伴うtutorial code内の変数名の変更 and 初期値をモデル任せではなくcode内で指定

  ae14watanabe

  committed
  de6a05c

  Copy full SHA for de6a05c

• 選択されている特徴量のbarの色を変更

  ae14watanabe

  committed
  2fff4d8

  Copy full SHA for 2fff4d8

• tutorialのseed値を変更

  ae14watanabe

  committed
  6b7a473

  Copy full SHA for 6b7a473

• Refactor, reformat and delete unnecessary row

  ae14watanabe

  committed
  e89a9c2

  Copy full SHA for e89a9c2

• Refactor

  ae14watanabe

  committed
  f162f3b

  Copy full SHA for f162f3b

Commits on Apr 22, 2020

• UKRの変数の初期化を別メソッドとして定義し実行するように変更

  ae14watanabe

  committed
  20f02dd

  Copy full SHA for 20f02dd

• Fix

  ae14watanabe

  committed
  13393e7

  Copy full SHA for 13393e7

• Refactor

  ae14watanabe

  committed
  44490c5

  Copy full SHA for 44490c5

• Edit error message

  ae14watanabe

  committed
  825ae81

  Copy full SHA for 825ae81

• First commit

  ae14watanabe

  committed
  5190eb5

  Copy full SHA for 5190eb5

• 外部から参照される可能性のあるメソッドの先頭を__から_に変更

  ae14watanabe

  committed
  eab1446

  Copy full SHA for eab1446

• Delete unnecessary comments

  ae14watanabe

  committed
  5dc565a

  Copy full SHA for 5dc565a

• 描画の細かい条件などの修正、破壊的な変更になっていないことは確認

  ae14watanabe

  committed
  08be578

  Copy full SHA for 08be578

• 処理をメソッド単位に分割

  ae14watanabe

  committed
  0234a6c

  Copy full SHA for 0234a6c

• Refactor

  ae14watanabe

  committed
  d94a1ae

  Copy full SHA for d94a1ae

• 変数の初期化メソッドで外部からfigureを代入できるように変更

  ae14watanabe

  committed
  07a10e0

  Copy full SHA for 07a10e0

• 外部からfigureやaxを指定できるように修正。tutorial codeで実行できることを確認

  ae14watanabe

  committed
  fe3d1eb

  Copy full SHA for fe3d1eb

• tutorialを元に戻す

  ae14watanabe

  committed
  deceb52

  Copy full SHA for deceb52

Commits on Apr 23, 2020

• Refractor

  ae14watanabe

  committed
  14bac9a

  Copy full SHA for 14bac9a

• Refactor and 後からコード見やすいようにメソッドの定義の順番を入れ替え

  ae14watanabe

  committed
  8ed6c71

  Copy full SHA for 8ed6c71

• pltのimportの位置を修正

  ae14watanabe

  committed
  c5f998c

  Copy full SHA for c5f998c

• tutorialの余分なimportを削除

  ae14watanabe

  committed
  4f41307

  Copy full SHA for 4f41307

Commits on Apr 24, 2020

• コード読みやすくなることを願ってメソッドの定義の配置を変更

  ae14watanabe

  committed
  77e76d0

  Copy full SHA for 77e76d0

• Tweak position of defining variables and comment

  ae14watanabe

  committed
  41f6ffc

  Copy full SHA for 41f6ffc

• オプションで潜在変数のラベルをマウスオーバーした時に表示できる機能を追加（未テスト）

  ae14watanabe

  committed
  ff41f78

  Copy full SHA for ff41f78

• Fix bugs, enable to change colormap and reformat

  ae14watanabe

  committed
  549ba1b

  Copy full SHA for 549ba1b

• 動物データのチュートリアルでcmapを指定

  ae14watanabe

  committed
  f296c30

  Copy full SHA for f296c30

• 潜在変数のscatterの大きさをs=10に（デフォルトが20）

  ae14watanabe

  committed
  15c04d8

  Copy full SHA for 15c04d8

Commits on Apr 26, 2020

• 外部から代表点の座標を与えられるように修正

  ae14watanabe

  committed
  ed58f67

  Copy full SHA for ed58f67

• 代表点に関連する変数を定義するメソッドを別途定義

  ae14watanabe

  committed
  60d077b

  Copy full SHA for 60d077b

• 外部から潜在空間に描画する値をsetできるメソッドを定義

  ae14watanabe

  committed
  5fb9a1f

  Copy full SHA for 5fb9a1f

• 外部から潜在空間の値を代入された時に、ヒストグラムの方では何も指定しないように変数を初期化

  ae14watanabe

  committed
  b0096eb

  Copy full SHA for b0096eb

• 外部からcmapを指定するメソッドを作成

  ae14watanabe

  committed
  be0d484

  Copy full SHA for be0d484

Commits on Apr 29, 2020

• 外部からaxのタイトルを

  ae14watanabe

  committed
  ee11cc2

  Copy full SHA for ee11cc2

• 外部からaxのタイトルを指定する機能を追加

  ae14watanabe

  committed
  e8fa332

  Copy full SHA for e8fa332

• Fix

  ae14watanabe

  committed
  0a360f5

  Copy full SHA for 0a360f5

• tutorialでaxのタイトルを指定するように修正

  ae14watanabe

  committed
  6cf16a8

  Copy full SHA for 6cf16a8

• axのタイトルを設定できるメソッドを定義

  ae14watanabe

  committed
  71e6690

  Copy full SHA for 71e6690

• feature barのラベルのfontsizeを小さく修正

  ae14watanabe

  committed
  ae868f5

  Copy full SHA for ae868f5

Commits on May 4, 2020

• First commit

  ae14watanabe

  committed
  9026abc

  Copy full SHA for 9026abc

• Reformat and fix typo in comment

  ae14watanabe

  committed
  ba7de74

  Copy full SHA for ba7de74

• デフォルトでは挙動が変わらないようにfit部を重みに対応

  ae14watanabe

  committed
  a13c007

  Copy full SHA for a13c007

• transformとinverse_transformで対応（calculate_history_of_mappingは前のcommitで対応）

  ae14watanabe

  committed
  c73108a

  Copy full SHA for c73108a

• UKRのRefactor

  ae14watanabe

  committed
  b87cce5

  Copy full SHA for b87cce5

• pytorch版をweightを考慮するように修正

  ae14watanabe

  committed
  7dda043

  Copy full SHA for 7dda043

• testにweightの調査を追加．計算時間が倍になるのがだるかったのでn_components=3に固定

  ae14watanabe

  committed
  2936327

  Copy full SHA for 2936327

• Fix in test code

  ae14watanabe

  committed
  c3d89de

  Copy full SHA for c3d89de

• Fix in test code

  ae14watanabe

  committed
  6ec95e1

  Copy full SHA for 6ec95e1

• Fix in pytorch model to test

  ae14watanabe

  committed
  d7a48f9

  Copy full SHA for d7a48f9

• Fix in test code

  ae14watanabe

  committed
  b4871aa

  Copy full SHA for b4871aa

• Fix in test model

  ae14watanabe

  committed
  145cbb6

  Copy full SHA for 145cbb6

• historyのobj_funcが未修正だったので修正

  ae14watanabe

  committed
  f86f5ab

  Copy full SHA for f86f5ab

• numpy版の目的関数の計算式が間違っていたので修正

  ae14watanabe

  committed
  bc27c97

  Copy full SHA for bc27c97

• etaを減らすことでallcloseでFalseになるタイミングを後ろに持ってきてテストがpassすることを確認

  ae14watanabe

  committed
  eb24c85

  Copy full SHA for eb24c85

• 不要なファイルを削除

  ae14watanabe

  committed
  e6ff051

  Copy full SHA for e6ff051

Commits on May 28, 2020

• 利用していない変数の確保を修正

  ae14watanabe

  committed
  31a6944

  Copy full SHA for 31a6944

• Merge branch '136_add_view_in_ukr' into 145_add_weight_in_ukr

  ae14watanabe

  committed
  3eadda3

  Copy full SHA for 3eadda3

Commits on May 29, 2020

• add description of visualize method

  ae14watanabe

  committed
  5343e0f

  Copy full SHA for 5343e0f

• Update libs/models/unsupervised_kernel_regression.py

  Show description for b9d118d
  

  ae14watanabe

  and

  tsuno0829

  authored
  b9d118d

  Copy full SHA for b9d118d

• オーバーラップしたときのデータラベルやcontourも白枠で縁取りするように変更

  ae14watanabe

  committed
  57cfe53

  Copy full SHA for 57cfe53

• is_show_all_label_data=Falseの時のbboxを削除

  ae14watanabe

  committed
  d1df319

  Copy full SHA for d1df319

• Reformat

  ae14watanabe

  committed
  6a4c7b4

  Copy full SHA for 6a4c7b4

Commits on Jun 2, 2020

• 潜在空間の描画をpcolormeshからimshowに変更しオプションにinterpolationを追加

  ae14watanabe

  committed
  a7c5852

  Copy full SHA for a7c5852

• スクリプト内で定義されていたcreate_zetaを削除しsomfのcreate_zetaを利用するように修正

  ae14watanabe

  committed
  2db9df9

  Copy full SHA for 2db9df9

• tutorialもモデルの変更に合わせて修正

  ae14watanabe

  committed
  618c954

  Copy full SHA for 618c954

• Merge remote-tracking branch 'origin/136_add_view_in_ukr' into 145_add_weight_in_ukr

  ae14watanabe

  committed
  369b504

  Copy full SHA for 369b504

• Merge branch '145_add_weight_in_ukr' of github.com:furukawa-laboratory/somf into 145_add_weight_in_ukr

  ae14watanabe

  committed
  7cf7834

  Copy full SHA for 7cf7834

Commits on Jun 4, 2020

• contourが上下反転されるバグをfix

  ae14watanabe

  committed
  cf19cb7

  Copy full SHA for cf19cb7

• Merge branch '136_add_view_in_ukr' into 145_add_weight_in_ukr

  ae14watanabe

  committed
  c1a0e77

  Copy full SHA for c1a0e77

Commits on Jun 7, 2020

• visualizeのdocstringをNumpy styleに変更

  ae14watanabe

  committed
  3f0aa26

  Copy full SHA for 3f0aa26

Commits on Jun 9, 2020

• 引数にカラーマップの中間の色に対応する値を0に固定するオプションを追加

  ae14watanabe

  committed
  3f8f269

  Copy full SHA for 3f8f269

• オプションをチュートリアルにも追加

  ae14watanabe

  committed
  c86ca1a

  Copy full SHA for c86ca1a

• Merge branch '136_add_view_in_ukr' into 145_add_weight_in_ukr

  ae14watanabe

  committed
  356b096

  Copy full SHA for 356b096

Commits on Jun 10, 2020

• オプションとして潜在変数のscatterのcmapやcolor, markerを追加

  ae14watanabe

  committed
  625e87e

  Copy full SHA for 625e87e

Commits on Jun 11, 2020

• imshowやscatterに関するオプションを細かく与えるのではなく，辞書として渡すように修正

  ae14watanabe

  committed
  3ff6558

  Copy full SHA for 3ff6558

• Merge branch '136_add_view_in_ukr' into 145_add_weight_in_ukr

  ae14watanabe

  committed
  cf25309

  Copy full SHA for cf25309

• 外部からimshowのcmapのみを指定できるメソッドを廃し，imshowやscatterの任意のパラメータを指定できるメソッドを追加

  ae14watanabe

  committed
  f86f1a1

  Copy full SHA for f86f1a1

• Merge branch '136_add_view_in_ukr' into 145_add_weight_in_ukr

  ae14watanabe

  committed
  097cc2f

  Copy full SHA for 097cc2f

• Fix bugs

  ae14watanabe

  committed
  ecb787c

  Copy full SHA for ecb787c

• Merge branch '136_add_view_in_ukr' into 145_add_weight_in_ukr

  ae14watanabe

  committed
  ad97484

  Copy full SHA for ad97484

• 各データに異なるmarkerを指定できるようにオプションを追加

  ae14watanabe

  committed
  a654be6

  Copy full SHA for a654be6

• Merge branch '136_add_view_in_ukr' into 145_add_weight_in_ukr

  ae14watanabe

  committed
  60f1bd1

  Copy full SHA for 60f1bd1

Commits on Jul 16, 2020

• markerのデフォルト値に誤りがあったためこれを修正

  ae14watanabe

  committed
  b96ea39

  Copy full SHA for b96ea39

• Merge branch '136_add_view_in_ukr' into 145_add_weight_in_ukr

  ae14watanabe

  committed
  01772e4

  Copy full SHA for 01772e4

Commits on Aug 18, 2020

• データのscatterのalphaを外部から指定できるように変更

  ae14watanabe

  committed
  bc180b0

  Copy full SHA for bc180b0

• Merge branch '136_add_view_in_ukr' into 145_add_weight_in_ukr

  ae14watanabe

  committed
  996005f

  Copy full SHA for 996005f

• 外部から表示する潜在変数を指定するmask配列を導入

  ae14watanabe

  committed
  88698b3

  Copy full SHA for 88698b3

• Merge branch '136_add_view_in_ukr' into 145_add_weight_in_ukr

  ae14watanabe

  committed
  54dbfd8

  Copy full SHA for 54dbfd8

• fix bug and adjust range of figure

  ae14watanabe

  committed
  189bd43

  Copy full SHA for 189bd43

• Merge branch '136_add_view_in_ukr' into 145_add_weight_in_ukr

  ae14watanabe

  committed
  1e38036

  Copy full SHA for 1e38036

• 潜在空間上のクリック済みの点をもう一度クリックすると解除されるように修正

  ae14watanabe

  committed
  ea07a4c

  Copy full SHA for ea07a4c

• Merge branch '136_add_view_in_ukr' into 145_add_weight_in_ukr

  ae14watanabe

  committed
  5eb0b85

  Copy full SHA for 5eb0b85

• Fix bugs

  ae14watanabe

  committed
  07168e7

  Copy full SHA for 07168e7

• Merge branch '136_add_view_in_ukr' into 145_add_weight_in_ukr

  ae14watanabe

  committed
  fa38368

  Copy full SHA for fa38368

Commits on Aug 20, 2020

• 外部からx印でplotする点を指定できるように修正

  ae14watanabe

  committed
  802891e

  Copy full SHA for 802891e

• Merge branch '136_add_view_in_ukr' into 145_add_weight_in_ukr

  ae14watanabe

  committed
  1ccd33e

  Copy full SHA for 1ccd33e

Commits on Sep 7, 2020

• latent spaceの軸のラベルを表示しないオプションを追加

  ae14watanabe

  committed
  d951201

  Copy full SHA for d951201

• Merge branch '136_add_view_in_ukr' into 145_add_weight_in_ukr

  ae14watanabe

  committed
  ade157a

  Copy full SHA for ade157a

• 外部から潜在空間に表示するコメントを追加できるように修正

  ae14watanabe

  committed
  b4ab7a0

  Copy full SHA for b4ab7a0

• Merge branch '136_add_view_in_ukr' into 145_add_weight_in_ukr

  ae14watanabe

  committed
  2e0cbad

  Copy full SHA for 2e0cbad