simulations\a\python_code\generate_protocols.py generates protocol files for:
- isometric force-pCa curves
- isotonic releases and
- creates an array of jobs that can be copied into the main batch file
The sim_input folders are arranged conceptually as follows
- 1
- model_1.json
- isometric
- pCas
- isotonic
- loads
- 2
- model_2.json
- isometric
- pCas
- isotonic
- loads
- 3
- model_3.json
- isometric
- pCas
- isotonic
- loads
- 4
- model_4.json
- isometric
- pCas
- isotonic
- loads
with the models as follows:
- model_1 - control
- model_2 - stabilized SRX
- model_3 - higher duty ratio
- model_4 - both stabilized SRX and higher duty ratio
The full folder structure is
sim_input
┣ 1
┃ ┣ isometric
┃ ┃ ┣ pCa_46
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ pCa_50
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ pCa_52
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ pCa_54
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ pCa_56
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ pCa_58
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ pCa_60
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ pCa_62
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ pCa_64
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┗ pCa_80
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┣ isotonic
┃ ┃ ┣ 0
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ 1
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ 2
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ 3
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ 4
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ 5
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ 6
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ 7
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ 8
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┗ 9
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┗ model_1.json
┣ 2
┃ ┣ isometric
┃ ┃ ┣ pCa_46
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ pCa_50
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ pCa_52
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ pCa_54
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ pCa_56
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ pCa_58
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ pCa_60
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ pCa_62
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ pCa_64
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┗ pCa_80
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┣ isotonic
┃ ┃ ┣ 0
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ 1
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ 2
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ 3
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ 4
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ 5
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ 6
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ 7
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ 8
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┗ 9
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┗ model_2.json
┣ 3
┃ ┣ isometric
┃ ┃ ┣ pCa_46
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ pCa_50
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ pCa_52
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ pCa_54
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ pCa_56
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ pCa_58
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ pCa_60
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ pCa_62
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ pCa_64
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┗ pCa_80
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┣ isotonic
┃ ┃ ┣ 0
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ 1
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ 2
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ 3
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ 4
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ 5
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ 6
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ 7
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ 8
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┗ 9
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┗ model_3.json
┣ 4
┃ ┣ isometric
┃ ┃ ┣ pCa_46
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ pCa_50
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ pCa_52
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ pCa_54
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ pCa_56
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ pCa_58
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ pCa_60
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ pCa_62
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ pCa_64
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┗ pCa_80
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┣ isotonic
┃ ┃ ┣ 0
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ 1
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ 2
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ 3
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ 4
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ 5
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ 6
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ 7
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┣ 8
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┃ ┗ 9
┃ ┃ ┃ ┣ output_handler.json
┃ ┃ ┃ ┗ prot.txt
┃ ┗ model_4.json
┗ sim_options.json
To generate the figures:
- run the
<repo>/simulations/a/batch.json
In the isometric and isotonic folders of <repo>/simualtions/a you will get
