ANT 3814 : Séminaire d'anthropologie biologique - Méthodes informatiques en anthropologie moléculaire

 Trimestre:		Été 2024
 Horaire:		Lundi & Mercredi 8:30 – 11:30 
 Salle:			Pavillon Jean-Brillant B-1204
 
 Professeur:		Joseph Orkin  
 Courriel:		[email protected]
 Bureau:		Pavillon Lionel-Groulx 3072
 Disponibilité:		Sur rendez-vous

Description du cours

Ce cours est une introduction pratique à la bioinformatique pour l'étude de l'évolution humaine et non humaine. Les étudiant.e.s travailleront avec des données génomiques réelles et acquerront une expertise dans l'analyse de la structure des populations, de la phylogénétique, de la diversité génomique et des microbiomes. Le cours se concentrera principalement sur la familiarisation avec l'interface de calcul en ligne de commande utilisant UNIX et R pour manipuler des données volumineuses.

Évaluation

Assiduité en classe 25% Participation aux ateliers en classe 25% Travaux de révision hebdomadaires 25% Projet final 25%

Ce cours est structuré comme un atelier d'analyse de données. Par conséquent, la présence en classe est obligatoire et la majeure partie de chaque cours sera consacrée à l'utilisation de tutoriels sur les données bioinformatiques. La notation des travaux dirigés en classe sera basée sur la participation active aux séries de problèmes et aux autres supports de travaux dirigés.

Chaque semaine, les étudiant.e.s auront un devoir à faire à la maison qui passera en revue les concepts de codage que nous avons appris la semaine précédente. Les devoirs seront remis en classe une semaine plus tard.

Les deux dernières semaines de cours seront consacrées aux projets finaux individuels. Chaque étudiant.e choisira un sujet d'intérêt dans le bloc de cours sur l'analyse des données et analysera de manière indépendante un nouvel ensemble de données fourni par l'instructeur. Les projets finaux seront présentés à la classe pendant la dernière semaine de cours.

Manuels scolaires

Nous travaillerons avec des données accessibles au public et des tutoriels en ligne, de sorte qu'aucun manuel n'est nécessaire pour ce cours. Des lectures supplémentaires seront assignées si nécessaire.

Horaire Préliminaire (sujet à modification)

Date	Ensemble des Problèmes	Thème
6-Mai	1	UNIX 1: Ligne de commande Unix
8-Mai	2	UNIX 2: Variables bash, awk et sed
13-Mai	3	UNIX 3: Expressions régulières
15-Mai	4	UNIX 4: Boucles bash
20-Mai		Pas de Cours
22-Mai	5	R et la visualisation
27-Mai		Journée de révision de l'ensemble des problèmes
29-Mai	6	Phylogénetique
3-Juin	7	Sélection naturelle
5-Juin	8	Introgression
10-Juin	9	Diversité génomique et structure de la population
12-Juin	10	Microbiomes
17-Juin		Atelier du projet final 1
19-Juin		Atelier du projet final 2

Autres considérations

1. Veuillez apporter votre ordinateur portable en classe. Si vous n'avez pas accès à un ordinateur, nous pouvons utiliser les ordinateurs de la salle de classe et/ou accéder à un serveur distant.

2. La bioinformatique est généralement réalisée avec des systèmes d'exploitation basés sur UNIX, y compris LINUX et mac OSX. Par conséquent, la plupart des programmes d'analyse ne sont pas disponibles pour les systèmes d'exploitation Windows. Si vous utilisez un ordinateur Windows, nous devrons télécharger un logiciel supplémentaire pour votre ordinateur afin de simuler un système UNIX et d'accéder au serveur distant.

3. La moitié de la note de ce cours provient de l'assiduité et de la participation. C'est parce qu'il est difficile d'apprendre à coder la première fois ! Il m'a fallu plusieurs fois et beaucoup d'échecs et de confusion. Si vous avez l'impression d'avoir du mal, c'est normal ! Ne vous découragez pas.