-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
Руководство для работы с id научных публикаций
Заполняя неструктурированные текстовые описания, биологи раньше указывали ссылки на публикацию в отдельном поле. В
августе 2021 ссылки перенесли прямо в описания — собирать ссылки из всех остальных полей в единый список внизу страницы
оказалось проблематичным. К тому же неструктурированных текстовых описаний у нас мало — описание эволюции и описание
гена. В полях proteinDescriptionUniProt или commentCause (deprecated) ссылки встречаются внутри квадратных скобок без url, только
индентификатор. Такой формат вполне подходит для биологов, работающих с API, так как они часто используют идентификаторы
PMID и DOI для указания статьи. Но, например, для вывода кликабельной ссылки в интерфейсе может понадобится
сгенерировать полноценный url. Ниже в таблице — описание того, как получить полную ссылку.
| Тип | Принадлежность | Пример формата | Пример в URL |
|---|---|---|---|
| PMCID | PubMed | [PMC3531190] |
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/?term=PMC2686545 |
| PMID | PubMed | [23509288] |
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/23509288 |
| DOI | DOI |
[10.1007/b136753] [10.1007/978-3-540-46129-6] [10.1002/jcp.24266] [10.1073/pnas.1506538112] [10.5551/jat.41335] https://doi.org/10.1007/b136753
|
http://doi.org/10.1007/b136753 |
В некоторых спаршенных описаниях ссылки также могут быть в круглых скобках.
Например у UniProt:
(PubMed: 21325134)
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmctopmid/#converter
Пример
GET https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/utils/idconv/v1.0/?ids=PMC3531190
Но этот API отдает XML, который надо парсить.