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NGS tools & software
This list is far from exhaustive. You can find other lists:
FastQC aims to provide a simple way to do some quality control checks on raw sequence data coming from high throughput sequencing pipelines. It provides a modular set of analyses which you can use to give a quick impression of whether your data has any problems of which you should be aware before doing any further analysis.
The main functions of FastQC are:
- Import of data from BAM, SAM or FastQ files (any variant)
- Providing a quick overview to tell you in which areas there may be problems
- Summary graphs and tables to quickly assess your data
- Export of results to an HTML based permanent report
- Offline operation to allow automated generation of reports without running the interactive application
The quality of the reads generated by high-throughput sequencing technologies tend to decrease at their ends. Trimming consists in cutting out theses ends, and thus better the quality of reads before the mapping.
Sickle uses sliding windows computing sequencing quality along the reads. When the quality falls below a chose q-value threshold, the reads is cut. If the size of the remaining read is too short, it is completely removed. Sickle takes into account three different types of read quality: Illumina, Solexa, Sanger.
note find that presentation explaining the difference between the 2 of em
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Le but de l'alignement est de replacer les //reads// issus du séquençage à leur emplacement sur un génome de référence. Lorsque le //read// est suffisamment long, il peut généralement être //mappé// sur le génome avec une bonne certitude, en tolérant une certain quantité de //mismatches//, c'est-à-dire de nucléotides mal appariés. Néanmoins certaines séquences répétées du génome peuvent s'avérer plus difficiles à aligner. On désigne par l'expression "profondeur de séquençage" (ou //sequencing depth//) le nombre moyen de //reads// alignés par position sur le génome. Plus cette profondeur est importante, meilleure est la qualité de l'alignement, et plus les analyses ultérieures seront de qualité.
Publication: Li H. and Durbin R. (2009). Fast and accurate short read alignment with Burrows-Wheeler Transform. Bioinformatics, 25:1754-60.
A list on Wikipedia
TODO section à étoffer, voir protocole d'install snakemake.
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Suite logicielle spécialisée pour l'analyse de motifs cis-régulateurs, développée par les équipes de Morgane Thomas-Chollier (ENS, Paris) et Jacques van Helden (TAGC, Marseille). Inclut des outils spécifiques pour l'analyse de données de ChIP-seq.
More: see the tutorials section in resources.md.
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Suite logicielle spécialisée pour l'analyse de motifs cis-régulateurs, développée par l'équipe de Tim Bailey. Inclut des outils spécifiques pour l'analyse de données de ChIP-seq.
Set of tools for the conversion of *.sra files (sequence read archive) into several formats. fastq-dump converts to *.fastq files.
- More info on the SRA format
- fastq-dump manual
- Download
- Install guide
- MICSA: peak-calling & motifs discovery (publication).
- ChIPMunk: deep and wide digging for binding motifs in ChIP-Seq data (publication).
- HMCan: a method for detecting chromatin modifications in cancer samples using ChIP-seq data (publication).
- seqMINER
- Crunch project
- CSDeconv
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