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signcl/2019-nCoV

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2019-nCoV Hackathon 新冠肺炎关联指征数据集

本项目希望基于新冠肺病关联指征定义,筛选肺病CT影像公开数据集中的包含有关联指征的病例,进一步形成对应的关联指征数据集,以用于新冠肺病的CT影像模型构建。

新冠肺病CT影像指征词表

国家卫健委下发的《新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案(试行第三版)》的「胸部影像学」一栏中的说明: 早期呈现多发小斑片影及间质改变,以肺外带明显。进而发展为双肺多发磨玻璃影、浸润影,严重者可出现肺实变,胸腔积液少见。

依据目前阶段对呼吸科医学专家的咨询,我们应该关注的病理特征中英文对照如下:

优先指征:

  • 磨玻璃影 - ground glass
  • 实变 - consolidation
  • 胸腔积液 - pleural effusion
  • 浸润影 - infiltration

次级指征(无明确相关性):

  • 蜂窝肺 - honeycombing(honeycomb)
  • 网格影 - reticular
  • 小叶间隔增厚 - septal thickening
  • 结节 - nodules
  • 支气管扩张 - bronchiectasis
  • 气胸 - pneumothorax
  • 囊性变 - cyst

数据标注规范

为了方便统一训练模型,我们使用指定的 OpenBayes 数据格式进行建模,在医疗建模的分割模型上,我们使用的数据格式如下:

OpenBayes 数据格式以 meta.csv 为数据集的主要格式文件,文件以 csv 格式为主体:

  • 第一行为字段类型和字段名称,格式为:[类型]_[名称]
  • 第二行以及以后每一行为数据样本。

因为分割模型使用的数据和标注都是图片,所以每一行的数据样本中,写好对应图片的相对路径即可。每个特性分别使用一张对应大小的图片表示标注结果。

特性对应颜色取值:

  • 磨玻璃影 - FF0000
  • 蜂窝肺 - FFFF00
  • 网格影 - FF00FF
  • 小叶间隔增厚 - 00FFFF
  • 结节 - 00FF00
  • 实变 - 008000
  • 支气管扩张 - FFFACD
  • 气胸 - 7FFF00
  • 胸腔积液 - 0000FF
  • 囊性变 - 000080
  • 浸润影 - 808000

样例说明

001_[标注特性].jpg 和 001.jpg 是相同大小的两张图片,001_[标注特性].jpg 中每个像素是 001.jpg 对应位置的标注。

为了以后数据校验,我们在图片文件夹中,还需要再放上原始 DICOM 或 MAT 文件(001.dcm),以防出现不一致。

image_Label,image_Source
patient_00/001_ground_glass.png,patient_00/001.png
patient_00/001_honeycombing.png,patient_00/001.png

目录结构:

.
├── meta.csv
├── patient_00
│   ├── 001.png
│   ├── 001.dcm
│   └── 001_ground_glass.png
│   └── 001_honeycombing.png

样例图

病人肺片选取的样例图为:图片大小 512x512

https://github.com/signcl/2019-nCoV/raw/master/orgdemo.png

磨玻璃:(样例结果为个人涂鸦)

https://github.com/signcl/2019-nCoV/raw/master/labeldemo.png

数据集:

请登录石墨文档 https://shimo.im/sheets/Qh9jQJqxPyCrDcyx/RIDOC 认领数据集

  • DeepLesion - 磨玻璃
  • LUNA
  • ChestX-ray8 - 胸腔积液 Effusion

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