Discrete Biological Models

Introduction to python 3

Lesson 1 (raw notebook) (script)

Lesson 2 (raw notebook) (script)

Lesson 3 (raw notebook) (script)

mycoplasma_genitalium_G37.fna

Lesson 4 (raw notebook) (script)

Lesson 5 (raw notebook) (script)

mycoplasma_genitalium_G37.gff3

Lesson 6 (raw notebook) (script)

Introduction to IGTools

IGTools repository

IGTools examples

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Progetti

A breve termine (1-7), a medio termine (8-14), simil ricerca(15-18)

1. Hapaxicità su genomi random con varie distribuzioni

• 1 gruppo

2. Correlazione nei genomi random tra HB e alcune distanze tra distribuzioni

• 1 gruppo

3. Implementazione di SA ed LCP in cython (+ N array in c)
4. Caratterizzazione di pangenome per specie

• 1 gruppo

5. Divergenze e similarità su genomi e pangenome

• 1 gruppo

6. Usare l’indice di coding C3 per distinguere protein coding da non-protein coding

• 1 gruppo

7. Word elongation per classi di regioni genomice (es. Geni, promotori, non-coding, etc…)

• 1 gruppo

8. Segmentazione, modi di segmentare, segmentazione e coverage, segmentazione e similarità

• 1 gruppo

9. Caratterizzazione di genomi (pangenomini) tramite grafi di de Brujin
10. Confronto di genomi (pangenomini) tramite grafi di de Brujin

• 1 gruppo

11. TAD (topological association domains) e creodi

• 1 gruppo

12. Sostituire l’N array con rank(select) (in collaborazione con Dott. M. Rossi)
13. Un framework avanzato for la genomica informazionale puramente in python

• 1 gruppo

14. Implementazione di un framework per la genomica informazionale basato su biopython

• 1 gruppo

15. Unione e intersezione di dizionari tramite strutture dati avanzate (in collaborazione con Dott. M. Rossi)
16. Differental k-mers e pangenoma
17. Differential k-mers e ortologhi
18. Differential k-mers e biomarcatori