feat: 128-tumorkonferenz mapping #251

cfischer27 · 2025-02-25T14:07:09Z

Closes #128

github-actions · 2025-02-25T14:10:54Z

🦙 MegaLinter status: ✅ SUCCESS

Descriptor	Linter	Files	Errors	Elapsed time
✅ ACTION	actionlint	5	0	0.08s
✅ BASH	bash-exec	4	0	0.03s
✅ BASH	shellcheck	4	0	0.03s
✅ BASH	shfmt	4	0	0.02s
✅ DOCKERFILE	hadolint	1	0	0.11s
✅ EDITORCONFIG	editorconfig-checker	269	0	1.85s
✅ GROOVY	npm-groovy-lint	2	0	11.6s
✅ JAVA	checkstyle	86	0	8.92s
✅ JSON	jsonlint	95	0	0.2s
✅ JSON	npm-package-json-lint	yes	no	0.7s
✅ JSON	prettier	95	0	0.76s
✅ JSON	v8r	95	0	87.31s
✅ MARKDOWN	markdownlint	8	0	0.66s
✅ REPOSITORY	checkov	yes	no	15.67s
✅ REPOSITORY	gitleaks	yes	no	0.71s
✅ REPOSITORY	git_diff	yes	no	0.04s
✅ REPOSITORY	grype	yes	no	15.81s
✅ REPOSITORY	kics	yes	no	14.94s
✅ REPOSITORY	secretlint	yes	no	1.26s
✅ REPOSITORY	syft	yes	no	3.34s
✅ REPOSITORY	trivy	yes	no	9.21s
✅ REPOSITORY	trivy-sbom	yes	no	1.46s
✅ REPOSITORY	trufflehog	yes	no	5.55s
✅ XML	xmllint	35	0	0.1s
✅ YAML	prettier	16	0	1.21s
✅ YAML	v8r	16	0	20.64s
✅ YAML	yamllint	16	0	0.69s

See detailed report in MegaLinter reports

You could have the same capabilities but better runtime performances if you use a MegaLinter flavor:

oxsecurity/megalinter/flavors/[email protected] (83 linters)

MegaLinter is graciously provided by

github-actions · 2025-02-25T14:11:22Z

Code Coverage Report

Overall Project	74.57%	🍏
Files changed	100%	🍏

File	Coverage
TumorkonferenzMapper.java	100%	🍏

cfischer27 · 2025-02-25T14:15:56Z

es gibt zur Tumorkonferenz noch die Info Meldeanlass aus dem OBDS, die nicht im IG abgebildet ist. Lassen wir diese Info also auch einfach weg?

src/main/java/org/miracum/streams/ume/obdstofhir/mapper/mii/TumorkonferenzMapper.java

chgl · 2025-02-26T15:44:39Z

src/main/java/org/miracum/streams/ume/obdstofhir/mapper/mii/TumorkonferenzMapper.java

+                      .getMengeTypTherapieempfehlung()
+                      .getTypTherapieempfehlung()
+                      .get(i));
+      therapieEmpfehlungen.addCoding(code);


Ich denke es wäre hier passender eine CarePlanActivityDetailComponent pro getTypTherapieempfehlung statt alle in ein coding.

so wie ich das verstehe, ist die CarePlanActivityDetailComponent ist ja eigentlich das Element detail. Laut IG darf das nur einmal pro activity gesetzt werden. Deswegene sind die getTypTherapieempfehlung alle in einem coding gelandet. Und es gibt ja für alle Therapieempfehlungen nur einmal die Info zur AbweichungPatientenwunsch

Stimmt! Dann wohl eher mehrere activity:

Die eine Information zu Abweichung_Patientenwunsch müsste man dann in jedem der Einträge der Activity setzen

hier hänge ich gerade leider etwas. Ich bekomms aktuel nur hin, dass in einer activity zwei details angezeigt werden und nicht zwei activities. Selbst wenn ich zwei CarePlanActivityComponents erstelle und diese einzelnt oder als Liste hinzufüge, wird das ganze nur als neues detail angezeigt.

Mit:

for (String typ : tk.getTherapieempfehlung().getMengeTypTherapieempfehlung().getTypTherapieempfehlung()) { Coding code = new Coding() .setSystem(fhirProperties.getSystems().getMiiCsOnkoTherapieTyp()) .setCode(typ); CodeableConcept therapieEmpfehlungen = new CodeableConcept(code); CarePlan.CarePlanActivityDetailComponent cpadc = new CarePlan.CarePlanActivityDetailComponent(); cpadc.setCode(therapieEmpfehlungen); // detail.Status cpadc.setStatus(CarePlan.CarePlanActivityStatus.COMPLETED); // detail.StatusReason cpadc.setStatusReason( new CodeableConcept( new Coding() .setSystem(fhirProperties.getSystems().getMiiCsOnkoTherapieabweichung()) .setCode(tk.getTherapieempfehlung().getAbweichungPatientenwunsch().value()))); carePlan.addActivity().setDetail(cpadc); }

Bekomm ich mit Testpatient_prostata.xml:

{ "resourceType": "CarePlan", "id": "893ccaf0f99449d7ca78315b47ef45b1c8cbdc393d61ce34eaf9cbb71d7f89d9", "meta": { "profile": [ "https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-onko/StructureDefinition/mii-pr-onko-tumorkonferenz" ] }, "identifier": [ { "system": "https://bzkf.github.io/obds-to-fhir/identifiers/tumorkonferenz-id", "value": "Tumorkonferenz_112" } ], "status": "active", "intent": "plan", "category": [ { "coding": [ { "system": "https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-onko/CodeSystem/mii-cs-onko-therapieplanung-typ", "code": "praeth" } ] } ], "subject": { "reference": "Patient/any" }, "created": "2020-05-25T00:00:00+02:00", "addresses": [ { "reference": "Condition/any" } ], "activity": [ { "detail": { "code": { "coding": [ { "system": "https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-onko/CodeSystem/mii-cs-onko-therapie-typ", "code": "OP" } ] }, "status": "completed", "statusReason": { "coding": [ { "system": "https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-onko/CodeSystem/mii-cs-onko-therapieabweichung", "code": "U" } ] } } }, { "detail": { "code": { "coding": [ { "system": "https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-onko/CodeSystem/mii-cs-onko-therapie-typ", "code": "ST" } ] }, "status": "completed", "statusReason": { "coding": [ { "system": "https://www.medizininformatik-initiative.de/fhir/ext/modul-onko/CodeSystem/mii-cs-onko-therapieabweichung", "code": "U" } ] } } } ] }

so sahs bei mir auch aus. Nur dass das ja dann im FHIR-Profil der Kardinalität von detail wiederspricht

Dann stimmt deins aber schon! Die activity selber darf 0..* sein, innerhalb der activity dann das detail nur 1..1. (Das detail selber kann auch gar nicht mehr als 1 gesetzt sein). So wie oben sind es praktisch 2 activity mit jeweils einem detail.

chgl · 2025-02-26T15:46:23Z

src/main/java/org/miracum/streams/ume/obdstofhir/mapper/mii/TumorkonferenzMapper.java

+    }
+    cpadc.setCode(therapieEmpfehlungen);
+    // detail.Status
+    cpadc.setStatus(CarePlan.CarePlanActivityStatus.COMPLETED);


muss man den status abhängig von getAbweichungPatientenwunsch setzen? Also heißt abweichung "J" dass die empfehlung gemacht wurde weil der Patient es wollte, oder dass sie nicht gemacht wurde trotz empfehlung 🤔

gute Frage. Können wir das überhaupt erkennen. Hier ist ja auch wieder der Punkt, dass mehere Therapien empfolen werden können und wir nicht wissen, auf welche sich getAbweichungPatientenwunsch bezieht

src/main/java/org/miracum/streams/ume/obdstofhir/mapper/mii/TumorkonferenzMapper.java

added changes from review

src/main/java/org/miracum/streams/ume/obdstofhir/mapper/mii/TumorkonferenzMapper.java

.approval_tests_temp/.approved_files.log

github-actions · 2025-03-04T10:38:34Z

Trivy image scan report

`ghcr.io/bzkf/obds-to-fhir:pr-251 (debian 12.7)`

No Vulnerabilities found

No Misconfigurations found

`Java`

No Vulnerabilities found

No Misconfigurations found

chgl · 2025-03-04T14:41:13Z

src/main/java/org/miracum/streams/ume/obdstofhir/mapper/mii/TumorkonferenzMapper.java

+      carePlan.setStatus(CarePlan.CarePlanStatus.ACTIVE);
+    }
+    // intent
+    carePlan.setIntent(CarePlan.CarePlanIntent.PROPOSAL);


Suggested change

carePlan.setIntent(CarePlan.CarePlanIntent.PROPOSAL);

carePlan.setIntent(CarePlan.CarePlanIntent.PLAN);

Hör lieber nicht auf mich, es ist doch im IG als "plan" hard-codiert... Ich hab nochmal nachgefragt ob Proposal doch sinnvoller ist: https://mii.zulipchat.com/#narrow/channel/255455-MII-Onko/topic/Therapieabweichung/near/503284376

🙈

chgl · 2025-03-04T14:46:00Z

.gitignore

@@ -67,3 +67,4 @@ node_modules/

 # generated code
 src/generated/
+.approval_tests_temp/


ah, musst noch die .approval_tests_temp ordner mal rauslöschen: https://stackoverflow.com/questions/7927230/remove-directory-from-remote-repository-after-adding-them-to-gitignore

chgl · 2025-03-04T14:52:01Z

src/main/java/org/miracum/streams/ume/obdstofhir/mapper/mii/TumorkonferenzMapper.java

+            new CarePlan.CarePlanActivityDetailComponent();
+        cpadc.setCode(therapieEmpfehlungen);
+        // detail.Status
+        cpadc.setStatus(CarePlan.CarePlanActivityStatus.COMPLETED);


Ich denke die logik müsste sein: wenn tk.getTherapieempfehlung().getAbweichungPatientenwunsch().value() == "Ja", dann, dann cpadc.setStatus(CarePlan.CarePlanActivityStatus.CANCELLED); und setStatusReason() auf das "ja".

Wenn getAbweichungPatientenwunsch().value() == "Nein", wäre cpadc.setStatus mMn identisch mit CarePlan.Status. Also wenn der gesamte Plan noch aktiv ist (nicht meldeanlass == behandlungsende), dann auch in-progress, und ansonsten completed. Dann muss auch kein statusReason gesetzt werden.

cfischer27 added 2 commits February 25, 2025 15:05

first draft Tumorkonferenz

5b49d02

first draft Tumorkonferenz

eaab727

cfischer27 requested review from a team and pcvolkmer and removed request for a team February 25, 2025 14:16

chgl reviewed Feb 26, 2025

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src/main/java/org/miracum/streams/ume/obdstofhir/mapper/mii/TumorkonferenzMapper.java Outdated Show resolved Hide resolved

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src/main/java/org/miracum/streams/ume/obdstofhir/mapper/mii/TumorkonferenzMapper.java Outdated Show resolved Hide resolved

chgl reviewed Feb 26, 2025

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mariokhoury4 reviewed Feb 27, 2025

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cfischer27 added 2 commits February 27, 2025 09:38

addded Testresourcen

bb640c6

added changes from review

spotlessApply

e93af59

github-advanced-security bot found potential problems Feb 27, 2025

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src/main/java/org/miracum/streams/ume/obdstofhir/mapper/mii/TumorkonferenzMapper.java Fixed Show resolved Hide resolved

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04b8bf3

chgl reviewed Feb 27, 2025

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.approval_tests_temp/.approved_files.log Outdated Show resolved Hide resolved

cfischer27 added 2 commits March 4, 2025 11:29

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4d84048

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11c1608

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	carePlan.setIntent(CarePlan.CarePlanIntent.PROPOSAL);
	carePlan.setIntent(CarePlan.CarePlanIntent.PLAN);

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`Java`